El primer diccionario etimológico en español fue el "Tesoro de la lengua española o castellana" de Sebastián de Covarrubias, editado en Madrid en 1611 y del cual existen varias ediciones modernas. A pesar de que la mayoría de explicaciones etimológicas que da Covarrubias son fantasiosas, la obra tiene un alto valor por el testimonio que aporta sobre la lengua, las expresiones y las costumbres de la época.
En el siglo XX, los dos diccionarios etimológicos más importantes son el de V. García de Diego, "Diccionario etimológico español e hispánico" (Madrid, 1954) y el "Diccionario crítico etimológico de la lengua castellana" (Madrid-Berna, 1954), de Joan Coromines. Se trata de dos obras de carácter muy diferente y que incluso dieron lugar a discusiones entre ambos autores. V. García de Diego publicó un volumen titulado "Etimologías españolas" (Madrid, 1965) donde se recogen estas polémicas. Del diccionario de Coromines existe una edición abreviada en un solo volumen ("Breve diccionario etimológico de la lengua castellana", Editorial Gredos, 1976).
Sobre toponímia (el estudio del origen de los nombres geográficos) existen numerosas obras, aunque no todas son igualmente fiables. Entre ellas, el reciente "Breve diccionario de topónimos españoles" de Emilio Nieto Ballester, Alianza Editorial, 1997, es una obra interesante y seria, aunque algunas de las etimologías que propone son discutibles.
Sobre el estudio de las expresiones y dichos del idioma existen numerosas obras, aunque no todas ellas tienen el rigor suficiente, ya que en algunos casos se recogen explicaciones fantasiosas que no responden a la realidad de los hechos. Personalmente, creo que "El porqué de los dichos" de José María Iribarren, reeditado por el Gobierno de Navarra en 1997, es una de las obras mejor documentadas y más rigurosas sobre el tema.
En la red puedes encontrar una página donde se da el origen de muchos nombres de pila: http://www.pacificcoast.net/~muck/etym.html
Para los diccionarios etimológicos en catalán, puedes consultar la sección correspondiente.