1770-74 von Franz Xaver Krismann mit ursprünglich drei Manualen und Pedal erbaut. Umbauten 1875, 1932 und 1951; Restaurierung 1996 durch die Oberösterreichische Orgelbauanstalt Kögler.
Seit 1932 erinnert die Bezeichnung "Bruckner-Orgel" an den Organisten und Komponisten Anton Bruckner, der zwischen 1845 und 1855 Stiftsorganist in St.Florian war. Das Instrument besitzt heute 103 klingende Register mit insgesamt 7386 Pfeifen, verteilt auf vier Manuale und Pedal.
In der Zeit in der Franz Xaver Krismann die Orgel des Stifts St.Florian erbaute war sie die größte Kirchenorgel der Welt, nicht nach den Pfeifen aber nach der Registeranzahl. Größer als die damals größten Orgelgiganten in Harlem (Holland) und später Weingarten (Süddeutschland). Die Orgel in Weingarten hat "nur" 6666 Pfeifen. Jedoch kann sich diese Orgel wiederum durch die Vielzahl an fortschrittlichen barocken Registern. D.h. der Orgelbauer Gabler inkludierte viele streichende Register, die man in der Romantik verwendete. Zu dem aber mehr beim Eintrag "Die Orgel von Weingarten". Die Brucknerorgel kann und konnte aber die Größe der Orgel des Doms von Passau nie erreichen. Diese hat 217 klingende Register und über 17600 (!) Pfeifen. Der Organist und weltweit angesehene "Orgelforscher" Hans Haselböck meinte aber dazu:" ...man kommt davon ab solch große Orgeln zu bauen, da einfach eine musikalische Grenze gegeben ist". Die großen Orgeln die heute gebaut werde umfassen nur mehr an die 70-80 Register.

An der Orgel des Stifts St.Florian wirkte wie oben erwähnt Anton Bruckner. Hier komponierte er seine in die Zeit fallenden symphonischen Werke und seine bescheidenen Orgelwerk. Vielmehr war er ein Improvisator und hervorragender Komponist auf dem symphonischen Sektor. Der derzeitige Stiftsorganist ist Augustinus Franz Kropfreiter - ein Vorreiter der modernen Orgelkunst und Wegbereiter für viele andere Organisten.

An der Stiftskirche von St.Florian finden jedes Jahr Internationale Orgelkonzerte statt die exzellent besetzt sind wie z.B.: Peter Planyavsky, Thomas Schmögner, Kurt Neuhauser, Erwin Horn, Wolfgang Dallmann, Hedwig Ebermann, P. Theo Flury, Franz Lörch, Wolfgang Kreuzhuber, Sachiko Nagatoishi, Karen De Pastel, Pierre Cogen und viele weiter.

Disposition

II Hauptwerk

Praestant 16'
Oktav 8'
Superoktav 4'
Quint 2 2/3'
Sedecima 2'
Mixtur 2' 8-fach
Prinzipal 8'
Oktav 4'
Quint 2 2/3'
Accordo 4' 10-fach
Douceflöte 8'+16'
Flauto hemiolo 8'
Quintadena 8'
Unda maris 8'
Alba 8'
Spitzflöte 4'
Divinare 4'
Nasat 2 2/3'
Gemshorn 2'
Flauto in XV 2'

III Oberwerk

Contra-Prinzipal 16'
Prinzipal 8'
Oktav 4'
Mixtur 2 2/3' 6-fach
Voce Umana 8'
Flauto comune 8'
Traverso 8'
Viola di Gamba 8'
Dulziana 8'
Flauto in Ottava 4'
Quintadena 4'
Salizetti 4'
Dulciana 4'
Ciuffoli protei 2 2/3'
Feldflöte 2'
Ciuffoli protei 1 3/5'
Cornettini 1 1/3' 3-fach
Sirene 8'
Bombeggi bassi 8'
Maschiotti 4'

I Positiv

Prinzipalino 8'
Ottava 4'
Decima quinta 2'
Decima nona 1 1/3'
Vigesima secunda 1'
Vigesima sesta 2/3'
Vigesima nona 1/2'
Koppel 8'
Echo 8'
Kleingedeckt 4'
Falsetti dolci 4'
Flauto conditioni 2'
Musette 8'
Tremulant

Labialwerk (schwellbar)

Rohrgedackt 16'
Rohrflöte 8'
Nachthorn 8'
Großnasat 5 1/3'
Nachthorn 4'
Portunalflöte 4'
Rohrnasat 2 2/3'
Nachthorn 2'
Gemshorn 1 3/5'
Larigot 1 1/3'
Septime 1 1/15'
Sifflöte 1'
None 8/9'
Tremulant
Salizional 16'
Salizional 8'
Salizional 4'

Trompetenwerk

Trompete 16'
Trompete 8'
Trompete 4'
Rauschwerk 4' 4-12 fach

Regalwerk

Basson 16'
Dulzian 16'
Krummhorn 8'
Bärpfeife 8'
Geigenregal 4'
Terzzimbel 1/6' 3-fach
Tremulant

Pedalwerk

Prinzipal 32'
Oktav 16'
Prinzipal 16'
Oktav 8'
Superoktav 4'
Accordo 8' 12-fach
Rauschpfeife 2' 3-fach
Bordoni 32'
Borduna 16'
Violon 16'
Quintadena 16'
Gedackt 10 2/3'
Hohlflöte 8'
Violongedackt 8'
Violoncello 8'
Gemshorn 5 1/3'
Nachthorngedackt 4'
Schwegel 2'
Kornett 4' 4-fach
Bombardoni grossi 32'
Bombardoni mezzanetti 16'
Fagott 16'
Trompete 8'
Klarine 4'

Koppeln

I-II, III-II, I-III,
L-I, L-II, L-III, L-IV
T-II, T-III, T-IV
R-I, R-II, R-III, R-IV
I-P, II-P, III-P
L-P, T-P, R-P

Manuale: C-g'''
Pedal: C-f'
Elektrische Spiel- und Registertraktur
Schwelltritt für Labialwerk
Crescendotritt (zwei frei einstellbare Crescendi)
Feste Kombination ("Tutti" frei einstellbar)
General- und Einzelabsteller für die Zungenregister
Automatische Pedalumschaltung
Setzer mit vier Schlüsselebenen zu je 640 Kombinationen mit Speichermedium
Aufzeichnungsgerät
Spieltisch verschiebbar (zwei Positionen)