Esta pregunta es muy dificil de responder aunque parezca mentira pero voy a intentarlo. Exactamente es un clon de lilith (madre de la raza humana) y Yui Ikari (madre de Shinji Ikari). Por eso cuando Shinji ve a Rei fregar el suelo, le da la impresión que lo hace como una madre, tanto por parte de su propia madre como por parte de la madre de todos los seres humanos.

¿QUE ES EL ALMA DE REI AYANAMI?

El alma de Rei Ayanami es una copia artificial de la alma humana, mas concretamente el alma de Lilith. El alma de rei es el Dummy Plug, un alma creada por los humanos con tal de poder sustituir el alma de Lilith en el tercer impacto y que esta al ser de creacion humana poder controlar el tercer impacto. Por eso Rei tiene esa personalidad tan "especial" y siempre esta hecha un lio.

¿PORQUE ES DECISIVA EN EL TERCER IMPACTO?

Como bien sabreis todos, los evangelion deven de ser conducidos por un cuerpo y una alma de gran parentesco (madre e hijos). Asi que desde el segundo impacto ningun niño mas volvio a tener alma por que dios cerro la puerta de Gauf (ver historia y secretos) asi que Seele con la escusa de intentar meter artificlamente un alma artificial en un cuerpo humano para que la humanidad continuara, pero su proposito realmente era quitar el alma de lilith cuando tenia la lanza de longhinos que la impedia regenerarse, en ese momento robaron su alma para crear una artificial de gran semejanza y meterla en un cuerpo humano , asi esta alma podria controlar a lilith y con ello el tercer impacto.

¿SI TODOS LOS EVANGELION TIENEN UN ALMA DE SU MADRE,
QUE ALMA TIENE EL EVA-00?

Pues como ya comente, los evangelion tienen un alma y necesitan un cuerpo sin alma para complimentarse. Cuerpos sin alma son los de Asuka, Shinji y todos los niños nacidos depues del segundo impacto pero Rei no fue un niño nacido como los otros, fue un simple cuerpo humano con alma introducida artificialmente (Dummy plug) con esto se podria decir que Rei es la UNICA en todo el mundo con alma y con menos de 16 años. Pues bien como Rei ya tiene alma y cuerpo, solo faltaba probarlo en un evangelion , pero este seria de prueva, como bien indica Ritsuko hubo muchos evangelion de prueva y ningun contenia ningun alma ya que Rei ya poseia (se podria decir que uno de los objetivos de Rei es provar y investigacion en el campo, no el atacar angeles).

¿PORQUE SE NOS APARECE EL FANTASMA DE REI EN VARIAS OCASIONES?

Esto ya mas bien son teorias mias, ahi momentos en la serie en que aparece el fantasma de rei. Por ejemplo cuando en el episodio 1 Shinji llama por telefono para quedar con Misato antes de empezar una nueva vida con ella y su padre (el cual no ve desde hace mucho) o cuando se produce el tercer impacto y todos ven a Rei seguida de una persona querida. Pues bien yo creo que este fantasma como bien dicen en el "the end of evangelion" Rei es la esperanza de que todos los seres humanos se entiendan entre si y Kaworu es la esperanza del amor entre los seres humanos. Por eso Shinji empieza a creer un poco en el amor una vez conoze a Kaworu, y Rei siente algo por Shinji tambien cuando llega kaworu a la ciudad.

¿PORQUE ABANDONA A GENDOU EN EL MOMENTO CLAVE?

Por que si recordais justo antes de morir la Rei II , el angel el cual la acata una de sus caracteristicas es que muestra los deseos de la persona aunque no los quiera ver y Rei se da cuenta de que su deseo es Shinji Ikari , es ser uno con Shinij y este tambien se encuentra que su deseo es ser uno con Rei. Pues Rei en ese momento recuerda lo bien que la trato Gendou pero lo mucho que ama a Shinji y decide suicidarse para salvar a este. Luego cuando hacen la Rei III no se acuerda ni de Shinji ni de nadie. Y se da cuenta ya que se va hacercando el final del plan de complementacion humana que Gendou lo unico que quiere de Rei es una puerta de enlaze con lilith para que cuando se una con el eva01 poder ver de nuevo a su querida Yui Ikari. Y justo en el momento en que Gendou va a unir con su mano (adam) con el corazon de Rei , sucede una cosa increible, y es que esta recuerda el momento antes de morir y sabe que su deseo es ser uno con Shinji y le da esquinazo a el padre y se dirige a el para que este decida sobre el destino de la raza humana.