长期以来，该群岛一直是厄瓜多尔诸多研究机构和自然保护项目，以及外籍科学工作者关注的目标。同许多生态机构一样，自1959年以来，查尔斯·达尔文研究所开展了多项自然保护计划，重点放在保护这些岛屿独特的生态环境上。

通过参观分别位于SantaCruz岛和San Cristóbal岛的查尔斯达尔文研究所和展示中心，你就会对这些岛屿的演变和传说有更多的了解。十八世纪，加拉帕戈斯群岛为海盗和冒险家们提供了栖身之地、水源及食物。此外，它还成为了一位欧洲男爵夫人的避难所。这位男爵夫人的传奇人生在许多书籍中均有记载。

海洋保护区，总面积13,300平方公里，是另一处加拉帕戈斯瑰宝，同时，它还是一处保护区、国家级遗址。受加拉戈斯群岛不同洋流的影响，这里汇集了众多的稀有物种。从小型鱼类到大型哺乳动物，如鲸、锤头鲨等，该保护区应有尽有。这是一处迷人的水底世界。

作为世界七大潜水区之一，加拉帕戈斯群岛吸引了大批自然爱好者及水下呼吸管、戴水肺潜水爱好者。舒适的船只、专家的指导确保了经验丰富的潜水者能够尽情地探寻珊瑚礁、顺利地通过洋流。