El clima de La Guajira, especialmente en la península, es árido, seco y de altas temperaturas, modificadas un poco con la brisa marina y los vientos alisios del noreste que soplan durante la mayor parte del año; las lluvias son escasas y se presentan generalmente en los meses de septiembre a noviembre, cuando la Zona de Convergencia Tropical (ZCIT) se desplaza hacia el norte.

En el departamento se encuentran el santuario de fauna y flora Los Flamencos, el parque nacional natural Macuira y el parque nacional natural de Sierra Nevada de Santa Marta, este último lo comparte con los departamentos de Magdalena y Cesar. Cuenta con la reserva indígena Carraipía