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| Los robots aprenden como reconstruir sus cuerpos para transformarse, permitiéndoles llegar a ser vehículos, equipo o armas. Ellos son alimentados por energón, una Matriz de Energía condensada que es usada para convertir materia a Energía y entonces usada para cargarse. Así cualquier materia puede ser usada para vivir, pero los mejores resultados vienen de la electricidad. Durante los siguientes 5 millones de años diferentes Decepticons y Autobots gobernarían Cybertron, su hogar, con los perdedores huyendo del planeta o "encarcelados" (sus Ais se mantenían en stasis), o completamente asesinados. A3, ahora conocido como Alpha Trion, es un científico Autobot. Cuando el líder actual de los Decepticons Megatron daña al Autobots Orion Pax y otros dos, Alpha Trion los recrea en Optimus Prime, Aleeta One y Ironhide. El da a Optimus Prime la Matriz del Liderazgo Autobot, dando nueva vida a la causa Autobots contra los Decepticons. Así la Tercera Guerra Cybertroniana se inicia.
En el campo Decepticon, el liderazgo es para el mas fuerte y mas cruel de los dictadores. Megatron también parece astuto en estrategias de batalla.
Jetfire se pierde durante una misión de reconocimiento. Starscream se une al campo Decepticon. Megatron corrompe a los Constructicons, quienes a su turno casi destruye Omega Supreme, robot guardián de ciudad cambiado a Autobot Transformer. Omega Supreme persigue a los Constructicons fuera de Cybertron, persiguiéndolos para vengarse. Algunos Autobots dejaron Cybertron y aprendieron como sobrevivir en un planeta de depósitos mecánicos, y llamados a si mismos "Junkions" en lugar de Autobots. Los Quintinsons cuidan sus heridas a lo lejos sobre un planeta formado de tierra, llamándolo "Quintessa". Ellos continúan sus negocios de armas alrededor de la galaxia. El Energon llega a ser una aceptable forma de dinero en muchos sistemas estelares. |
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