Los Quintisons reaniman a Optimus Prime en una clase de estado Zombie, en otra conspiración para tomar Cybertron de regreso. Rodimus descubre a Optimus a bordo de la cripta y es engañado para renunciar a la Matriz. La verdadera personalidad de Optimus surge en el ultimo minuto, y Optimus le regresa a Hot Rod la Matriz. La nave espacial de Optimus es supuestamente destruida por una trampa para los otros Autobots.
En realidad, el cuerpo de Optimus es recuperado por un equipo de científicos humanos en busca de una nueva clase de metal resistente al calor. La estrella donde la trampa para los Autobots fue colocada alcanza una supernova, resultando la resistencia al calor del metal de la nave pero el revestimiento de la nave son extrañas esporas. De regreso en la Tierra, las esporas son descubiertas como causa de una infección enloquecedora en todo sentido de vida. Uno de los científicos humanos es lesionado por los Decepticons cuando ellos roban el metal, causando que su padre odie a todos los Transformers. El guía a los Autobots a su laboratorio y los infecta con la enfermedad enloquecedora, la cual se expande a los transportes estelares y entonces a la Galaxia. Rodimus y Skylynx toman el cuerpo de Optimus y secuestran un Quintison para revivir a Optimus Prime. Rodimus es infectado, y Optimus, revestido en el metal resistente al calor, lucha con él por la Matriz (Rodimus infectado por el virus, enloquece).
Buscando a través de los espíritus de la Matriz, Optimus descubre una vieja leyenda del programa del Autobot original sobre las esporas enloquecedoras. "Semejante locura es librada con sabiduría." el AI dice Optimus. Optimus abre la Matriz y libera la Energía de la Matriz, la cual acelera a velocidad mas rapida que la luz cruzando toda la Galaxia, curando la locura con un bit de sabiduría Matriz para cada persona infectada. Con la Matriz vacía pero aun utilizable, Optimus guía a los Autobots de regreso a Cybertron.
Bumblebee es reformado en Gold Bug.
Mas Autobots y Decepticons regresan a sus lideres cruzando la Galaxia.
Vector Sigma permite que Galvatron conozca de la Llave del Cambiador de Plasma a Energía. Galvatron, pensando en una nueva fuente de Energía, ataca la ciudad Autobot en la Tierra para conseguir la Llave. El entonces viaja a Cybertron, e inserta la llave. Los Autobots lo siguen a Cybertron y están presentes cuando la Llave activa el Cambiador. La extraña Energía cortocircuita varios Transformers y una nave espacial, enviando tripulación en un vuelo fuera de control. Solamente Spike y Daniel, criaturas orgánicas, no son afectadas por la Energía.
Optimus Prime usa la Matriz del Liderazgo para comunicarse con Vector Sigma, y descubrir que Alpha Trion es ahora parte de Vector Sigma. Sigma ha permitido a Galvatron descubrir la Llave del Cambiador de Plasma a Energía por una razón. Sigma aparentemente tiene poderes clarividentes, como conoce los Humanos podrían ser un instrumento para re-iniciar en Cybertron una nueva Edad Dorada. El Cambiador de Plasma a Energía afecta todos los seres que usan Energía.
La nave aterriza en un planeta llamado Nebulon. Sus habitantes son humanoides divididos en dos castas. Algunos son personas que conocen la Tecnokinesis, controlando maquinaria con solo la mente. Unos pocos de ellos son Cyborgs, sus cerebros alojados en apenas adecuados cuerpos de robot. Cada uno de ellos en Nebulon esta sujeto a los "Hive", como los tecnokineticos se llaman a si mismos. La llegada de los Autobots y Decepticons cambia el balance del poder de los Nebulons. Daniel es atacado y en una condición critica, forzando a Spike a usar los Autobots para crear los Headmasters, Transformers con operadores humanoides secundarios. Varios Nebulons se convierten en Headmasters, y entonces a los Targetmaster, socios binarios. Los Decepticons, con la ayuda de los Hivemasters, copiando los esfuerzos de Spike. La batalla por la Llave continua. Optimus llega, pero es indeciso acerca de las nuevas uniones.
Los Hivemasters transforman su ciudad en una fortaleza capaz de vuelo superluminoso, y toman a Daniel, Arcee, y otros Autobots como rehenes. Ellos entonces parte para Cybertron para dar a Galvatron la llave. Spike descubre una vieja ciudad de los Hivemaster, la única en que ellos vivieron antes de ellos desarrollar los poderes Telekineticos, y reforman la ciudad en una fortaleza Headmaster. El entonces sale para Cybertron.
En el planeta de los Transformers, Galvatron esta encolerarizado ya que sus guerreros han aceptado ellos mismos los operadores orgánicos, pero debe aceptarlos y su poder de fuego. El ordena a los Decepticons construir motores masivos superluminosos para poner a Cybertron a orbitar la Tierra, donde el puede examinar de nuevo el Cambiador de Plasma a Energía. Los Hivemaster luchan restando los Autobots hasta Spike y Fortress Maximus llega. Galvatron trata de conseguir que Sponok deje Cybertron; el ha colocado la Llave en el Cambiador con un reloj de cuenta regresiva. Spike, en total control de Fortress Maximus, toma la materia en sus propias manos y rescata a su hijo y los Autobots del interior de Scoponok. El Cambiador se activa, enviando plasma energético a través del Sistema y haciendo de la estrella Sol una supernova. Spike tiene los Nebulons en los muelles sus Headmaster acomodados y cambiando los manejadores superluminosos a hundidores de Energía, con un conducto a Vector Sigma. Vector Sigma drena la Energía extra del Sol cuando Spike apaga el Cambiador. Sigma usa la Energía para reactivar Cybertron en una nueva Edad Dorada. Galvatron y los Hivemasters son expulsados de Cybertron colocados en el espacio interestelar.
Fin de la Cuarta Guerra Cybertroniana.
