De diertjes worden met grote hoeveelheden gevangen voor aquaria, als bestanddeel van - vooral oosterse - medicijnen of (in gedroogde vorm) om als souvenir op het dressoir te dienen.
Elk jaar worden meer dan twintig miljoen van de verticaal zwemmende visjes met het paardachtige hoofdje gevangen, wat eenvoudig is omdat het diertje zich weinig verplaatst.
Een bijkomend probleem is dat zeepaardjes een partner voor het leven hebben. Als de partner wordt weggevist, zal de ander niet meer paren. Overigens is het mannelijke zeepaardje opmerkelijk genoeg degene die de eieren en jongen bij zich