Sendo a musculação um método de treinamento desportivo, esta deve então respeitar os princípios científicos do treinamento desportivo. A seguir estão os de maior importância para o  treinamento de hipertrofia :

        Também conhecido como Princípio das Diferenças Individuais. 
        Todos seres humanos resultam da associação do genótipo ( carga genética ) com o fenótipo (ação do meio ambiente sobre os seres humanos ). 

        Podemos entender o genótipo como a carga genética transmitida à pessoa e que determinará diversos fatores como : composição corporal, biotipo, altura, força, entre outras.
        O fenótipo, pode ser entendido como tudo que é acrescido ao indivíduo a partir do nascimento, sendo responsável por fatores como : habilidades técnicas, consumo máximo de oxigênio, entre outras.
        Segundo DANTAS ( 1985 ) " pode-se dizer que os potenciais são determinados geneticamente, e as capacidades ou habilidades expressas são decorrentes do fenótipo ".
Além desses caractéres individuais, algumas características coletivas influenciam a formação da individualidade. Assim, o sexo, a idade e a raça determinam fatores comuns para grupos de pessoas.
        Concluímos, então que um treinamento ministrado a homens negros, de terceira idade, será diferente do aplicado a meninas japonesas, por exemplo.

        Para que o princípio da adaptação ( ou Princípio da Adaptabilidade ) seja entendido é preciso que se compreenda o conceito de homeostase. 
        Homeostase é o estado de equilíbrio instável mantido entre os sistemas constitutivos do organismo vivo, e o existente entre este e o meio ambiente.
        O objetivo do treinamento é, através de stress físicos, "quebrar" essa homeostase, desencadeando um processo denominado de Síndrome de Adaptação Geral ( SAG )
        Essa homeostase pode ser rompida por fatores internos ( geralmente oriundos do córtex cerebral ) ou externos como calor, variação da pressão, esforço físico, traumatismo. Assim, sempre que essa homeostase é rompida, o organismo dispara um mecanismo compensatório que procura restabelecer o equilíbrio. Tiramos então a conclusão que todo estímulo provoca uma reação do organismo acarretando uma resposta.
        Essa resposta será diretamente proporcional à intensidade do estímulo. E é com essa intensidade de estímulo que esse princípio se preocupa. 
        A Síndrome de Adaptação Geral pode ser dividida em três fases :

        1. Fase de Excitação
        2. Fase de Resistência
        3. Fase de Exaustão

        O treinamento tem por objetivo desencadear essa S.A.G. até a segunda fase, evitando os processos de "overtraining", ou seja, os excessos de treinamento.
        Pode-se resumir a intensidade desses estímulos e suas respectivas conseqüências da seguinte maneira :

        É desejável que o atleta, após uma sessão de treino, esteja cansado. Porém é imprescindível que, após um período de repouso, ele consiga recuperar-se totalmente e esteja em perfeitas condições físicas, bioquímicas e mentais para o treino seguinte.

        Imediatamente após a aplicação de uma carga de trabalho, há uma recuperação do organismo, visando a restabelecer a homeostase. Um treinamento de alta intensidade provocará a depleção das reservas energéticas orgânicas e o acúmulo de ácido lático e outros substratos.  A reposição destas reservas se faz em nível muscular nos primeiros 3 ou 5 minutos de recuperação ( Mathews e Fox , 1983 ). No entanto, em nível orgânico, somente o repouso prolongado e a alimentação suficiente possibilitarão a reposição total. Hegedus ( 1969 ) chamou esse fenômeno de "assimilação compensatória", que seria composta de um período de recuperação, no qual seriam recompostas as energias e substratos depletados, e de um período de restauração ampliada, no qual seria assimilada uma "overdose" energética. ( DANTAS, 1998 ).
        O equilíbrio entre o estímulo aplicado e o tempo de recuperação é que garantirá a existência da supercompensação de forma permanente.
        Resumindo, podemos definir os seguintes critérios para aplicação de sobrecargas.
        A aplicação de uma nova carga dependerá :
        1. da intensidade da carga anterior ;
        2. do período de recuperação ( anabolismo ) ;
        3. do período de restauração ampliada ( super-compensação )

        O aumento das cargas de trabalho é uma imposição para se obter uma melhora no performance. Um organismo submetido a trabalho muito intenso só poderá executá-lo por curto espaço de tempo. Por outro lado, se há necessidade de realizar um esforço de longa duração a carga será, necessariamente, moderada.
        A escolha da incidência de sobrecarga na intensidade ou no volume, respeitará dois critérios: a capacidade física visada e o período de treinamento.
        Entendemos sobrecarga no volume : quilometragem percorrida, número de repetições e séries, duração do exercício, horas de treinamento, etc...
Entendemos sobrecarga na intensidade : quilagem utilizada, velocidade, ritmo, redução de intervalos entre as séries, etc ...

        Como já vimos nos princípios anteriores, o treinamento baseia-se na aplicação de cargas crescentes, progressivamente assimiladas pelo organismo. Assim, o fator que assegura essa melhora de rendimento é a continuidade do processo de treinamento, caracterizado pela alternância entre os estímulos e os períodos de recuperação.
        Para se obter resultados otimistas no desenvolvimento das capacidades físicas visadas, é necessário um mínimo de persistência nos exercícios, com o intuito de propiciar uma duração que permita ocorrer as alterações bioquímicas e morfológicas necessárias.

        O princípio da especificidade é aquele que impõe, como ponto essencial, que o treinamento deve ser montado sobre os requisitos específicos da performance esportiva em termos de capacidade física interveniente, sistema energético predominante, segmento do corpo e a coordenação motora ( técnicas ) requisitadas.
        Assim devemos verificar qual capacidade física é mais utilizada no esporte escolhido e treiná-la. Assim, realizar um treinamento de hipertrofia muscular com um maratonista seria desperdício de tempo e energia !

        Esses princípios não existem apenas por existir !  Cada um, considerado individualmente, possui seu valor e função próprios, entretanto, a integração entre todos adquire inestimável importância para o desenvolvimento dos objetivos. Além desses princípios, existe outro fator que influencia diretamente no sucesso do treinamento e que merece destaque : a alimentação