Os autos de fé começaram, em Portugal, em 1540, mas só em 1547 é que a Inquisição Portuguesa dispôs de todos os seus poderes. Praticaram-se crimes horrendose perseguições infernais, todos debaixo da capa da igreja e em nome de Deus. Acabara por ser utilizada como instrumento da política absolutista, tendo sido suprimida pelas Cortes Constituintes em 1821.
A Inquisição quando foi instalada em Portugal tinha como objectivo defender a fé e a doutrina Católica. Mais tarde passou a intervir na defesa moral convensional, ou seja, apropriar-se de casos da competência dos tribunais seculares (sadomia, bigamia, adultério, feitiçaria), porque existia heresia implícita nestes "crimes".
Em 1553 D. João III deu autorização á Inquisição de Lisboa para inquirir sobre pessoas culpadas de pecado nefando (pecado feito contra a ordem natural da função reprodutora do homem).
A perseguição aos homosexuais atinge o seu auge no séc. XVIII.
Deve-se, em parte, a um maior descuido dos "fanchonos" que se tornaram mais ousados. Contudo, Portugal, comparando com Espanha, não foi muito sanguinário em relação a esse "crime".
Nas acusações de Judaísmo, as mais frequentes, as mulheres eram acusadas de práticas e costumes caseiros judaicos, os homens de guardar os sábados e de assistir aos preparativos das festas judaicas. Os denunciantes eram sobretudo as criadas (denunciam os patrões devido a conflitos de ordem monetária, por exemplo) e os vizinhos.
As profissões liberais eram geralmente mais atingidas que os elementos administrativos, principalmente médicos, cirurgiões e boticários, porque tinham maior imdependência económica, social e mental.
O facto de existir rivalidade entre cristãos-novos e cristãos-velhos no exercício dessas profissões agravava a situação. Os primeiros eram geralmente melhor sucedidos, talvez porque utilizavam técnicas mais avançadas e mantinham contactos com comunidades judaicas estabelecidas no estrangeiro. Ou seja, os cristãos-velhos sentiam-se em desvantagem. Os médicos cristãos-novos eram acusados, subretudo, de judaísmo; os cristãos-velhos de superstição, blasfémia, feitiçaria, etc
A feitiçaria era outro dos "crimes" acusados. Este termo abrange em grande variedade as práticas mágicas e supersticiosas (invocações de espíritos, lançamento de sortes, superstições, benzeduras, etc). Recorria-se á feitiçeira na expectativa de concretizar desejos irrealizáveis, condenados socialmente. Nada a espantava e nada era julgado, ao contrário do sacerdote. A feitiçeira era um "agente de prazer", mas assim que se tornava ineficáz era considerada um "agente do mal". Eram subretudo mulheres abandonadas pelos maridos, velhas viúvas. Recebiam em troca das suas adivinhações ou feitiços um pão, uma moeda ou um pedaço de tecido. A Inquisição insistiu em condenar e desqualificar as feitiçeiras como simuladoras e falsárias.
Existiam também acusações de proposições, ou seja, blasfémias contra a verdade do dogma, críticas ao comportamente da Igreja como instituição e sacrilégio.
O clero tinha um papel muito importante: participava na formação religiosa e moral da comunidade, isto é, informava sobre o que era pecado e o que se podia ou não fazer, especialmente no campo do sexo.
Havia uma grande distinção entre classes: poucos nobres eram denunciados e muitas vezes essas denúncias eram censuradas ou arquivadas. O comportamento do tribunal também se adequava á condição social do réu.
Ao falarmos da Inquisição, que atravessou quase três séculos da nossa História, chegámos á triste conclusão que ela foi responsável pelo atraso e pela decandência Portuguesa, quer no campo económico, porque saíram do País grandes homens de negócios, quer culturamente, porque apesar de se terem distinguido alguns grandes nomes, apesar da censura ser bastante pesada, não houve mais avanços nos outros campos, enquanto por toda a Europa no séc. XVII foi o século da ciência, da técnica e das artes. Podemos até dizer que o humanismo, que atravessou toda a Europa, fazendo um corte no passado e a colocar o Homem no centro do Mundo, quase não se sentiu em Portugal. Para além disso o espírito de intolerância, de denúncia, de ódio impregnou-se no espírito de grande parte dos portugueses e levou-os a perseguir, denunciar e a praticar actos que haviam de os envergonhar, porque a Inquisição foi um dos actos mais infames da História da Humanidade.
