Com planta elaborada pelo arquiteto Benedito Calixto de Jesus Neto, aprovada pela Santa Sé, teve suas obras iniciadas no ano de 1946.

Concluída por Dom Carlos de Vasconcelos Mota, 1° Arcebispo de Aparecida, teve um quinto mandato entregue ao povo em 1967, com Rosa de Ouro mandada pelo Papa Paulo Vl, para ornamentar o Santuário.

Desde 1926, o povo e os missionários Redentoristas desejavam uma igreja maior, pois nos dias de festa não havia condições de trabalho e conforto na igreja. Entretanto, Dom Duarte Leopoldo e Silva, Arcebispo de São Paulo, que construía a catedral e o Seminário Maior do Ipiranga e precisava do salto do cofre do Santuário, não se interessou em construir uma nova igreja em Aparecida. Somente seu sucessor, e grande devoto de Nossa Senhora Aparecida, Dom José Gaspar de Afonseca e Silva, comprometeu-se em 1939, e prometeu construí-la. Sua morte prematura, em acidente de avião no ano de 1943, interrompeu planos e trabalhos. Novamente, a instâncias dos Redentoristas e dos peregrinos, Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta, novo Arcebispo de São Paulo (1944-1964), retomou o projeto de Dom José e deu, ainda que demorados (1945-1955), os passos necessários para a construção, lançando a primeira pedra a 10 de setembro de 1946.

Entre 1952 e 1954 foi canalizado o córrego da Ponte Alta e nivelado o Morro das Pitas. A 8 de setembro de 1954 foi lançada nova pedra fundamental, pois a primeira tinha sido violada e roubada.

Em julho de 1955, o Sr. Cardeal Motta indica e recebe como bispo auxiliar o Pe. Antônio Ferreira de Macedo, Redentorista, que pôs os pés no chão e mãos à obra, dando início efetivo à construção no dia 11 de novembro daquele mesmo ano de 1955, com a concretagem das colunas da ala ou nave norte. Dom Macedo construiu a nave norte, torre e parte da cúpula, dando prosseguimento à construção da cúpula e naves sul, leste e oeste, com as respectivas capelas laterais, o também Redentorista Pe. Noé Sotilo.