HARD LANDING (DIFÍCIL RETORNO)  

Com a ajuda de Michael, Nikita sobreviveu à destruição da Liga da Liberdade, no fim do episódio da primeira fase. Desde então, tem fugidio da Section 1.Enquanto trabalha como garçonete, Nikita é capturada pela Liga da Liberdade, e é usada para se vinganrem da Section 1 .Durante a aparição repentina da Section, Nikita consegue escapar, e salva a vida de Michael. E mais tarde em um barco abandonado, ela e Michael compartilham uma noite de paixão. Agora de volta à Section, a mentira de Michael e Nikita sobre seu verdadeiro paradeiro, durante todo este tempo, está em perigo de ser descoberto.

SPEC OPS (AGENTE ESPECIAL)  

Nikita é resignada a Jurgen, um agente especial quem voltará a treiná-la após sua captura pela Liga da Liberdade. A Section é contactada por Kudrin, um membro de Liga da Liberdade que poderia verificar a história de Nikita, então a Section procura capturá-lo para interrogá-lo. A fim impedir que Kudrin revela a verdade, Michael tenta matá-lo deliberadamente durante a missão, mas Kudrin sobrevive e Madeline assim como Jurgen começam a descobrir a mentira de Michael e de Nikita.

THIRD PERSON (TERCEIRA PESSOA)

Birkoff, descobre uma série de atividades terroristas estão acontecendo aleatóriamente, aparentemente por um grupo mercenário de seis homens, chamado "Helix". Jurgen ajuda Nikita a retornar ao estado operativo, no ataque da Section contra Helix. Não obstante, Michael está preocupado com a relação que está crescendo entre Nikita e Jurgen, convencido que Jurgen está manipulando Nikita, para expô-la, Michael e Jurgen têm uma luta.

APPROACHING ZERO(APROXIMAÇÃO ZERO)

A liberdade de Jurgen dentro da Section fascina Nikita. Ela continua passando mais tempo com ele, apesar da desaprovação de Michael, que adverte Nikita que Jurgen não é quem parece ser Mas Nikita ignora o conselho de Michael, e ela e Jurgen tornam-se mais íntimos na vida. Infelizmente, Nikita inconsciente provoca uma luta de poder  entre Jurgen e a Section, que poderia trazer conseqüências mortais para Jurgen...

e Nikita.

NEW REGIME (NOVO REGIME)

Um agente da Section, fica louco e dispara tiros contra Operations durante uma sessão de informação. Enquanto Operations está a beira da morte na UTI, Igram Petrosian -o agente salvo na fase anterior- chega a Section e promove Nikita como segundo controle. Apesar dos avisos de Madeline, Nikita pensa que Petrosian é o melhor para comandar a Section, devido a sua sinceridade. Mas Petrosian pede que Nikita mate Operations, o futuro da Section está a um fio.

MANDATORY REFUSAL (NEGATIVA OBRIGATÓRIA)  

Quando Michael, é enviado para assassinar um vendedor de armas, a operação falha e Michael entra em “negativa obrigatória” –situação onde ele deve romper a comunicação com a Section e deve completar a missão a todo custo. Infelizmente o distribuidor de armas sequestra Madeline, e Operations acredita que a única maneira de protegê-la é matando Michael. Mas Nikita tem outros planos.

HALF LIFE (MEIA VIDA)

A Section 1, tenta parar um bombardeio em um pátio escolar, e Nikita observa que Michael sabe mais do que deveria, sobre a origem da bomba. Quando Nikita fas perguntas a Michael sobre isso, ele não responde nada. Mas Nikita sabe que ele está escondendo algo. No dia seguinte, ela segue Michael e descobre que ele está se encontrando com o autor da bomba. Michael e o autor da bomba, Rene,foram estudantes que protestavam e estavam envolvidos em atividade terroristas em 1980, e seus caminhos se cruzaram mais uma vez. Mas quando Operations pede que Michael traia seu amigo, a lealdade de Michael fica dividida.

DARKNESS VISIBLE (ESCURIDÃO VISÍVEL)

Nikita e Michael, são enviados a uma nação Balcânica para assassinar Radovan Luka, um vendedor de armas, para os rebeldes, que estão lançando uma campanha de limpeza étnica. Quando Nikita e Michael chegam no país, encontram duas crianças, e Nikita força Michael para protegê-los.A segurança das crianças distrai Nikita, em uma oportunidade de disparar em Luka e agora Nikita e Michael devem arriscar suas vidas, que se infiltrando em um acampamento balcânico, para matá-lo.

OPEN HEART (CORAÇÃO ABERTO)

A Red Cell criou uma bomba de tempo humana. A fim de descobrir a identidade da bomba humana e de seu possível alvo, Nikita deve capturar um dos agentes da Red Cell, que está em uma prisão estrangeira, por porte de droga. Nikita é enviada a esse país para ser presa e levada para mesma prisão. Nikita deve conquistar a confiança de Jenna, agente da Red Cell Mas é obrigada a trair sua confiança, para escapar da prisão com Jenna, através de uma série de túneis subterrâneos: único modo que a Section poderia interrogá-la.

FIRST MISSION (PRIMEIRA MISSÃO)

Devido a uma falta de agentes, Nikita é promovida a líder de equipe, três anos antes do esperado. É agora responsável por todos os aspectos de uma missão da Section: a seleção operativa, planejamento e sua execução bem sucedida. Sua missão, é capturar um distribuidor de barras de combustível nuclear gastas, é uma missão mais perigosa do que o normal. E o pior de tudo, é que um membro de sua equipe, Vizcano, é intratável e desobediente. Nikita deve encontrar uma maneira de controlá-la, ou executar a missão com o risco de falhar.

PSYCHIC PILGRIM (PEREGRINO PSICÓTICO)

A Section acha, que o líder (está preso) de um grupo de terrorista, está enviando ordens para um próximo ataque, através de seu advogado, Armel. Nikita e Michael são colocados como um casal suburbano, para iludir Armel, fazendo com que ele pense que Nikita é uma psicóloga aposentada. Convencido, Armel sequestra Nikita, e a força a contatar psiquicamente com seu filho, que tinha morrido em um acidente de trânsito. Nikita descobre que o filho de Armel está vivo e está sendo mantido pela Section.

SOUL SACRIFICE (SACRIFICIO DA ALMA)

Nikita protege uma agente da Section durante um bom tempo. Terry, que não completa seu trabalho durante uma recente missão, confessa a Nikita, que a razão de sua falta era devido a sua gravidez. Mas quando Terry, Michael e Nikita são enviados para capturar um agente do NSA, Terry trai a missão para escapar da Section e ter seu filho fora. Agora, Nikita deve escolher entre a Section, e proteger Terry e seu bebê.

FUZZY LOGIC (LÓGICA CONFUSA)

Birkoff, descobre que um grupo terrorista está usando um código para se infiltrar em um satélite de defesa da Section. Eles estão usando-o para cobrir os ataques terrorista. O código deve ser quebrado para parar os ataques ofensivos. Mas o NSA e Birkoff são incapazes de decifrá-lo. A Section sequestra um jovem, matemático inteligente, mas arrogante, para resolver o problema Mas sua natureza incontrolável transforma-se numa ameaça; para a missão, para a Section finalmente para sua própria vida.

OLD HABITS (VELHOS HÁBITOS)

A Section, deve evitar que um grupo terrorista do Orente Médio, Bright Star (Estrela Brilhante), realize bombardeios suicidas. Como estas bombas são criadas nas minas, o paradeiro de Briight Star é difícil de ser rastreado. Nikita é chamada para obter a informação de Formitz, que é responsável por criar todos os documentos falsos da Bright Star. Não demora muito, quando Nikita descobre que Formitz é um assassino em série, especializado no assassinato brutal de prostitutas, seu desejo de vingança pode ameaçar a vida de muitos.

INSIDE OUT (DE DENTRO PARA FORA)

Um vírus assassino, é liberado acidentalmente dentro da Section 1. A Section, envia uma equipe para neutralizar uma possível munição da Red Cell na Escócia, mas quando chegam, encontram o lugar abandonado. Michael e Nikita continuam de vigia, quando Mowen, agente da Section, pega amostras e retorna à Section. Logo depois, Mowen cai mortalmente enfermo, com uma doença misteriosa. Operations compreende que a missão era uma armadilha, projetada para soltar um vírus mortal contagioso, que está se estendendo rapidamente através da Section. Agora, Michael e Nikita devem escolher entre encontrar o antibiótico e conservar a Section, ou a possibilidade de sua própria liberdade.

NOT WAS (NÃO ERA)

Depois de ser capturado e interrogado por terroristas, a perda da memória de Michael o põe em risco de ser cancelado. Depois de um ataque em um clube, Michael é capturado e interrogado por um tactico da Red Cell, Orlando Perez. Em uma segunda missão para aprisionar Perez, Nikita liberta Michael, mas ele não pode recordar quem são ou porque ele está na Section. Nikita cobre Michael, sabendo que seria cancelado se Operations o encontra-se sem memória. Em pouco tempo, o trabalho de Nikita torna-se mais difícil pelo fato que Michael não ter a própria ação e estar sendo manejado emocionalmente por ela.

DOUBLE DATE (ENCONTRO DUPLO)

Michael e Nikita são forçados a seguir em uma missão, junto com um homem com precedentes terroristas, que está trabalhando agora para a Section. Na fase anterior, Michael e Nikita pegaram o terrorista David, com a ajuda inconsciente de sua esposa maltratada, Lisa. Agora, a Section está usando-o para eliminar um terrorista mais poderoso que ele. Michael e Nikita são forçados seguir a missão com ele. A missão falha quando Fanning resolve fazer Nikita de refém, e exige que Michael lhe devolva Lisa. Agora, Michael deve encontrar a mulher que ele usou e traiu pela Section dentro de 48 horas, ou Nikita será assassinada.

OFF PROFILE (FORA DO PERFIL)

Michael começa a namorar uma nova recruta da Section,e causa tensão entre ele e Nikita, ameaçando o resultado de uma missão perigosa. Andrea, uma recruta arrogante, é trazida a Section e Michael faz um esforço bem sucedido para conquistá-la. Isto faz com que Nikita perca a aproximação quase e estrague uma missão.A missão, é em um laboratório em que criam um vírus letal projetado. Quando Andrea descobre que a sedução de Michael era uma teste para provar sua lealdade à Section, jura a vingança. Andrea pede ajuda a Nikita para vingar-se, mas a recusa de Nikita põe em perigo sua vida e a de Michael na próxima missão.

LAST NIGTH (ONTEM À NOITE)

A Section captura o líder de uma organização terrorista poderosa -um computador sofisticado capaz de ter pensamento independente. Sempre que a Section diminui seu grau de segurança em áreas diferentes do mundo, uma organização terrorista faz um movimento bem sucedido nesse lugar em questão de horas. Operations ordena uma mudança bem sucedida para descobrir o líder, apenas para encontrar quem é -não é nada menos do que um computador. Capaz de falar, o computador é interrogado por Madeline que pensa que é pura lógica, sem pensamento intuitivo. Quando juntos Madeline e Operations deixam a Section, o computador tem outros planos e Michael é forçado a comandar a Section em sua ausência.

IN BETWEEN (FOGO CRUZADO)

A esposa de um terrorista que acreditavam que estava morto, é agente da Section. Quando a Section descobre um plano de terroristas ricos para consolidar ataques civis, Michael e Nikita se passam por lavadores de dinheiro para detê-los. Mas, seu assistente Giraldi, que estava fora durante nove anos quer ser levado de volta e exige voltar a ser agente da Section. Quando Nikita informa a Operations, ele diz-lhe que ignora seu pedido, mas quando Madeline descobre, insiste que Nikita o traga. Agora, Nikita está confusa entre Madeline, Operations, e a vida de um homem está em contrapeso.

ADRIAN’S GARDEN (O JARDIM DE ADRIAN)

A fundadora da Section 1 sequestra Nikita e a recruta para a última missão -destruir a Section, de uma vez por toddas.. O mundo de Nikita está de cabeça para baixo. Sua vizinha Carla é no momento uma agente, que trabalha para Adrian, fundadora da Section que está vivendo agora em exílio. O "noivo" de Carla é o homem que seguiu Nikita todo o ano. Ele sequestram Nikita e a levam para Adrian que lhe adverte que Operations a está usando para usurpar a potência política, e planeja colocar todo o governo da Terra sob seu controle pessoal. Adrian insiste que não pode destruir a Section sem a ajuda de Nikita, Nikita não acredita. Mas quando Nikita, descobre que uma missão designada para proteger um líder mundial, é realmente um encubrimento de Operations, que planeja matá-lo, justo como Adrian a tinha advertido, Nikita decide voltar-se contra a Section 1.

END GAME (JOGO FINAL)

O ataque de Nikita para destruir a Section 1 é descoberto. Com a ajuda de Adrian, Nikita consegue abrir uma brecha na área a mais sensível da Section, para extrair um arquivo com o nome chave de "Gemstone" que contém a evidência necessária para derrubar Operations e destruir a Section 1. Mas durante uma junta geral, Operations força Michael de modo que identifique o agente que provavelmente trabalha para Adrian contra a Section - Nikita. Mais tarde, Michael confronta  Nikita para encontrar uma maneira protegê-la, mas ela não quer. Agora, Michael é forçado a sequestrar Nikita e Adrian para devolvê-las a Section, sabendo que Nikita e Adrian seriam canceladas e o arquivo Gemstone apagará permanentemente.