Setsuna, der die Seele des Engels Alexiel in sich hat, ist von viele Problemen umgeben. Zum ersten stehen seine Elter zwischen der Liebe zu seiner Schwester Sarah und zum zweiten wird er durch die Seele des Engel zum Tot verurteilt und verfolgt.
Auf dem Markt erscheint ein Video Spiel Namens "Angel Sanctuary", das den Menschen Energie aussaugt. Diese Energie wird an Rosiel weitergegeben. Rosiel erwacht und greift Setsuna an. Seine Schwester die ihm dabei retten wollte stirbt dadurch und für Setzuna bricht praktisch die Welt zusammen. Seit dem ist er nicht mehr sicher und muß sich gegen seine Totfeinde durch kämpfen. Doch nicht nur das. Sarah Seele gelagt in Jebrils Körper und Setsuna muß in den Turm Gottes um diese Seele wieder zu ihren Körper zu bringen.....
