Neo Tokyo im Jahr 2015. Der 14-jährige wird zu seinem Vater nach Tokyo-3 gerufen, nachdem er einige bei Verwandten gelebt hat. Noch ahnt er nicht, was ihn erwarten wird und warum sich sein Vater so plotzlich an ihn erinnert. Der Hintergrund: Im Jahre 2000 schlug am Südpol ein riesiger Meteorit ein. Die Polkappen schmolzen, der Meeresspiegel stieg um ganze 60 m an, das weltweite Klima geriet völig aus dem Gleichgewicht, es folgten Unruhen, Bügerkriege und Wirtschaftskrisen. Die Weltbevökerung halbierte sich. Diese größte Katastrophe der Geschichte wurde in den Geschichtsbüchern als "Second Impact" vermerkt (das Aussterben der Dinosaurier, das ebenfalls duch einen Meteoriteneinschlag verursacht worden sein soll, ist dabei wohl als "First Impact" anzu sehen. 15 Jahre später zeigten sich zwar die ersten Erfolge eines Wideraufbaus, doch es tauchte eine neue Gefahr für die Menschheit auf; die sogenannten bedrohten den Frieden. Diese gigantischen Kampftruppen greifen nun einer nach dem anderen die Erde an. Der Second Impact war aber eigentlich gar keine Naturkatastrophe, sondern der erste Angriff der. Einer der Engel griff damals eine am Südpol positionierte UN-Station an und zerstörte sich dann selbst, die dadurch aufgetretene Hitze ließ; die Polkappen schmelzen. Um auf erneute Angriffe der vorbereitet zu sein, entwickelten die Menschen die humanoide Kampfmaschine Evangelion, auch EVA genannt. Die Geheimorganisation NERV, die der UN angehört, hat sich in einem Geosektor unter Tokyo-3 (ein neues Tokyo, das für das alte beim Second Impact zerstörte Tokyo erbaut wurde) ihren Stützpunkt eingerichtet, von wo aus sie die Einsätze gegen die steuert. Die drei bereits einsatzfähigen Eva's sollen nun von drei Piloten, den Children, gesteuert werden. Die Kinder müssen genau 14 Jahre alt sein. Da die EVA's über das Bewußtsein und den Willen der Piloten gesteuert werden, müssen sie über dementsprechend besondere geistige Voraussetzungen verfügen. Bei der weltweiten Suche konnten daher auch nur 3 Piloten gefungen werden, die mit dem Evangelion synchronisationsfähig waren. Ihr Sieg ist entscheident für das überleben der Menschen, auf ihnen liegen die Hoffnungen der ganzen Menschheit.
