Als Utena ein kleines Mädchen war, bekam sie einen Ring mit einem Rosenrelief von einem geheimnisvollen Prinzen. Heimlich in ihn verliebt, träumt sie davon, ihn wieder zu finden. Seit ihre Eltern tot sind, lebt sie bei ihrer Tante. Sportlich beliebt, kleidet sie sich immer wie ein Junge. Neu an der Otori Hochschule, trägt sie selbstverständlich die gleiche Uniform wie ihre Schulkollegen. Eines Tages wird Wakaba von Saionnshi, den Jungen den sie liebt, gedemütigt. Entrüstet über die Verhaltensweise dieses Mitgliedes der Studentenvereinigung, die den Regeln des Siegels der Rose; untersteht, fordert Utena Saionnshi zu einem Duell. Durch das Duell gelangt Utena in ein mysteriöses Schloss, das mit einer seltsamen Untergrundbewegung in Verbindung steht. Deren Mitglieder scheinen den Befehlen einer Organisation mit dem Ziel, die Macht des Dios zu erlangen, zu gehorchen; eine Macht, mit der man dem Anschein nach die Welt revolutionieren und die... Apokalypse herbeiführen kann.
