Reeds in de prehistorie zijn er bewoningsvormen in deze regio: getuigen hiervan zijn de overblijfselen uit het vroege Mesolithicum en sporen van rurale nederzettingen uit de La-Têne-periode die hier gevonden werden. Deze nederzettingen blijven wellicht bestaan in de Romeinse tijd.
In de Middeleeuwen is de heerlijkheid van Vinderhoute één van de oudste en aanzienlijkste lenen van het graafschap Vlaanderen. De oudste vermelding van "Vindreholt" vinden wij in een oorkonde van koning Lotharius uit 966 waarin de St-Baafsabdij in haar rechten wordt bevestigd: zij bezit er een kerk en een hofstede.
Over de naam Vinderhoute bestaat geen eensgezindheid: holt betekent bos maar vinder zou afkomstig kunnen zijn van vinder of rechter ofwel een vervorming van vunder, vonder dat plankenbrug zonder leuning betekent (Jan Luyssaert).
In de 12de eeuw is een Willem van Verderhod bekend maar op het einde van deze eeuw komt het gebied in handen van de heren van Gaver die ook het graafschap Evergem en de heerlijkheden van Merendree, Mariakerke en vele andere onder hun bezit hebben. Eén van hen, Raas van Gaver trekt in 1200 mee op kruistocht.
Vanaf het begin van de 14de eeuw tot op het einde van het Ancien Régime vormen de heerlijkheden van Vinderhoute en Merendree één geheel maar de heer verblijft steeds in Vinderhoute. In deze eeuw zijn er meer dan 80 achterlenen afhankelijk van de heerlijkheid Vinderhoute - Merendree.
In de 14de eeuw komt het gebied in handen van Gwijde van Montmorency, heer van Laval.
Begin 16de eeuw wordt Vinderhoute bestuurd door een Gents edelman, Lieven van Pottelsberge, die mits een afkoopsom in 1518 als heer van Vinderhoute erkend wordt. Hij is ook de man die het kasteel van Vinderhoute laat verbouwen tot zijn huidige vorm. Hij is gehuwd met Livina van Steelandt, laatste afstammelinge van de Allijns, stichters van het Allijns-godshuis in Gent, thans het Huis van Allijn. Lieven van Pottelsberghe en zijn zoon laten dit godshuis vermeerderen met talrijke nieuwe woningen en een nieuwe kapel.
Deze zoon heeft een dochter die huwt met Jan Wouters die hierdoor heer van Vinderhoute wordt. De laatste afstammelinge Isabella Theresia Wouters (+ 1756) huwt met Willem le Poyvre (+ 1736) wiens enige dochter Charlotte huwt met de graaf van Carnin en Staden. Hun enige zoon Lodewijk die in 1830 kinderloos sterft is de laatste heer van Vinderhoute. Zijn bezittingen worden door zijn erfgenamen openbaar verkocht waarbij boeren grote familieportretten opkopen voor een appel en een ei om te dienen als tochtafsluitingen. Het kasteel van Vinderhoute wordt in 1830 verkocht aan de familie De Schietere de Caprijcke. Eén van hen is vanaf 1822 burgemeester van de gemeente maar overlijdt in 1828. Wanner de familie op het kasteel komt wonen in 1833 worden ze door de bevolking verwelkomd met "revolver- en geweerknallen".
Bossen en weiden rond het kasteel zijn in die tijd een geliefkoosde plek voor talrijke reigers waar de inwoners van Vinderhoute hun bijnaam hebben aan overgehouden.
Moderne geschiedenis...
In 1830 bij de onafhankelijkheid van België wordt het gemeentebestuur volledig vernieuwd. Alle documenten zijn voortaan in het Frans opgesteld en de familie Heynssens pleegt blijkbaar een soort machtsgreep. Josse Guillaume Heynssens, vroeger gemeentesecretaris wordt voortaan burgemeester. Zijn zoon Edouard Joseph wordt de nieuwe gemeentesecretaris. Hij zorgt ervoor dat uiteindelijk zijn zoon Jean Leopold benoemd wordt tot gemeenteontvanger en wordt aangesteld als onderwijzer van de school in de gemeente. Jean Leopold is bovendien koster en organist en zijn dochter Maria Coleta zal later huwen met Isidoor De Vreese die koster is, als onderwijzer het eerste katholieke schooltje opricht tijdens de schoolstrijd en uiteindelijk burgemeester wordt.
Vinderhoute is dan een kleine landelijke gemeente helemaal ingesloten door de waterlopen de Kale, de Meirebeek, de Gavergracht, het Geleed en de Borisgracht. Bij hevige regenval zijn grote delen van de akkers en weiden overstroomd.
De meeste van de ongeveer 600 inwoners leven van de landbouw of zijn arbeiders die in de textiel werken als wevers of spinsters. Zij werken thuis als bijverdienste of in de fabrieken in de stad. Dikwijls is er armoede vooral in tijden van economische crisis zoals het verval van de vlasnijverheid en de ardappelplaag rond het midden van de 19de eeuw.
Daarnaast wonen rijke industriëlen op de kastelen die zij meestal als buitenverblijf gebruiken.
In 1855 wordt het te klein geworden oude kerkje afgebroken en vervangen door de huidige kerk. Groot bezieler is pastoor De Laere die heel wat persoonlijk geld spendeert aan de verfraaiing van de kerk. Merkwaardig zijn het fraaie houtsnijwerk van communiebank, biechtstoelen en vooral de preekstoel naast de mooie glasramen die het leven van de patroonheilige, de H. Bavo voorstellen.
Ook in 1855 wordt de eerste straat geplaveid, nml de Brugstraat die in de winter meestal in een modderpoel is herschapen en nauwelijks bruikbaar is.
In 1856 wordt beslist om een eigen school te bouwen. Alle plannen zijn klaar maar men beschikt nog niet over de nodige gronden! Pas in 1860 kan men een stuk grond kopen in de huidige Vredesdreef, de vroegere Lapperstraat, waar nu nog de gemeenteschool staat. Men begint met de bouw van één klasje en een bestaand gebouw moet dienen als onderwijzerswoonst. Die is echter zeer vochtig zodat in 1884 een nieuwe onderwijzerswoonst wordt gebouwd. In 1921 wordt de school vergroot om in 1937 grotendeels haar huidige vorm te krijgen. Grootse verbouwingsplannen in 1942 met een indrukwekkende toegangspoort, worden echter afgevoerd.
Ondertussen is in 1895 het eerste katholieke schooltje opgericht, wellicht in de paardestal van de toenmalige pastorij. In 1889 komen de kloosterzusters van het Crombeen voor onderwijs zorgen dat tenslotte terecht komt in de gebouwen van het huidige klooster in de Kasteeldreef.
In 1873 schenkt de burgemeester Jonkheer Ridder de Ponthieure de Berlaere één van zijn eigendommen aan de gemeente om als gemeentehuis te dienen. Tot dan toe wordt café De Kroon als gemeentehuis gebruikt. In 1897 wordt er een verdieping opgebouwd en krijgt het gemeentehuis zijn huidige vorm.
Grootse verbouwingsplannen tijdens de tweede wereldoorlog worden weer opgeborgen.
Vanaf het begin van de 20ste eeuw wordt er steeds meer gebouwd en begint de bevolking toe te nemen, wat vooral het geval is na de bouw van de nieuwe woonwijken Kerkkouter en Rozenhoed in de jaren '60. Maar in 1976 komen er de gemeentefusies en wordt Vinderhoute bij Lovendegem gevoegd.
Ondanks alles heeft Vinderhoute zijn rustig en landelijk karakter kunnen behouden.