El retablo Mayor, es de estilo barroco (1683), con esculturas de los Mesa, y fue rehecho en 1782 por Diego Díaz del Valle y Santiago Massily, a quien se le atribuye el magnífico grupo central de la Asunción, así como la capilla de la Virgen de la Peana, patrona de Borja.

El claustro se construyó en el siglo XV gracias a un privilegio del rey Juan II de Aragón, es de planta cuadrada, con bóvedas de crucería sencilla, y en su origen estaba abierto a un patio interior.

La iglesia es de única y amplia nave, con ábside poligonal y capillas entre los contrafuertes, conservando en su interior la fábrica medieval y las tracerías mudéjares, en tanto que el interior se revistió en estilo neoclásico (1828-183), conservando la estructura medieval.

Hay un magnífico órgano fechado en 1569, que junto a la sillería de nogal del coro bajo forma un interesante conjunto.