Tanto Gopher como WWW son aplicaciones que le ofrecen al usuario un servicio de información homogéneo y sencillo de utilizar. Un usuario es capaz de extraer información a los pocos minutos de estar utilizándolos. Ambos son también distribuidos e integran casi la mayoria de los demás sistemas de información existentes en Internet (FTP, Archie, WAIS, CWIS basadas en acceso via telnet, News, ...). Se les conoce a ambos como sistemas globales de información. Sin embargo, la forma que tienen de conseguirlo es totalmente distinta.
Gopher está basado en menús y cada opción del menú es la que dispone del enlace, mientras que WWW está basado en el concepto de hipertexto y son palabras resaltadas de un documento las que poseen un enlace (más información) que apuntan a otros documentos. Gopher está basado en una estructura jerárquica de directorios hasta llegar al documento final (texto, imagen,...) , mientras que WWW se basa en enlazar las palabras/imágenes de los documentos con otros documentos y así sucesivamente. El método que utiliza WWW para ofrecer la información ofrece, por una parte, mayores ventajas desde el punto de vista del usuario en ciertas aplicaciones que no el método de menús del Gopher (ver el ejemplo representado en la figura 1). Sin embargo, este método al requerir la creación de documentos que cumplan con el formato HTML lleva más trabajo que el del Gopher.
Por otro lado, ya que los menús pueden representarse también como un documento, es muy fácil proporcinar un acceso desde WWW al Gopher, como si los servidores Gopher fueran servidores propiamente WWW. El acceso a la inversa, por el contrario, es más complicado. En estos momentos existen algunos servidores Gopher que empiezan a ofrecer una pasarela a WWW, pero de forma totalmente experimental. Comparando el acceso a la información en Internet
Otra diferencia apreciable está representada en la figura 5 y está relacionada con el anterior punto. Se basa en la misma característica de que un documento puede representar cualquier tipo de información y en la implementación de varios protocolos en los clientes WWW. De esta forma, se ofrece la posibilidad de acceder diréctamente desde el cliente a varios servicios (además de Gopher, p.e. News). Sin embargo, los clientes Gopher no permiten esta posibilidad y se debe acceder obligatoriamente a través de un servidor Gopher que disponga de la pasarela apropiada. El acceso directo a los distintos servicios siempre es preferible, sin embargo, la implementación de varios protocolos en un cliente hace que los recursos requeridos para un cliente WWW sean mayores que los requeridos para un cliente Gopher.
Y otra ventaja que tienen algunas implementaciones WWW (p.e. Mosaic), frente a Gopher, es la posibilidad que ofrecen de añadir comentarios personales a los documentos. Estos comentarios aparecen siempre que se abre el documento haciendo que la información sea más personalizada que la proporcionada por Gopher.
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