Saco vitelino: Resto de vitelo (sustancia de reserva) del huevo del que el alevín se nutre durante un corto especio de tiempo tras la eclosión. Cuando el saco vitelino está completamente reabsorbido, el alevín empezará a buscar su alimento en el medio exterior.

Sales: Palabra que se suele utilizar para designar al cloruro de sodio, que es muy importante en los acuarios marinos. También se utiliza en sentido amplio para designar varios minerales.

Salinidad: Describe la concentración relativa de minerales (sales) presentes en el agua de mar.

Salobre (agua): Combinación de agua dulce y agua de mar, que se produce dentro y alrededor de los estuarios, cuando ambas aguas se mezclan.

Sellador: Adhesivo de goma de silicona utilizado para unir el vidrio.

Sifón (Tubo): Sistema por el cual se transfiere agua de un nivel más elevado a otro más bajo. Se puede utilizar para vaciar el acuario o para efectuar cambios parciales de agua. También puede servir para limpiar el suelo del acuario de detritos.

Sistema Berlín: Técnica de filtración que utiliza solamente roca viva y un potente espumador proteico.

Sistema total: Acuario compuesto por un sofisticado sistema de filtración y por otros sistemas de trabajo que le proporcionan un tratamiento total del agua.

Sistema de línea lateral: órganos que pueden detectar las vibraciones, cuyos sensores tienen el aspecto de una hilera de escamas agujereadas a lo largo de los costados del pez.

Sistemática: Ciencia de la clasificación de los seres vivos.

Sumidero: Cubeta situada bajo el acuario que generalmente aloja el filtro de percolación, filtros químicos y mecánicos así como sondas y reactores.

Sustrato: Término que suele aplicarse a cualquier tipo de material para recubrir la base del acuario.