Comenzaron a tener casos de robos, sobornos, delincuentes sueltos,...Luego frecuentaron cómics en donde se veía la vida cotidiana de los dos detectives ( recados, peleas entre ellos, ... ), disminuyendo los casos de detectives. Filemón cambiaba su atuendo por una chaqueta y pantalones rojos. Mortadelo dejó de usar su sombrero y su paraguas. En Mortadelo destacaba una gran nariz y que era más calvo que un huevo. De Filemón, en esos tiempos tenía también una nariz grande y gorda ( más que la de Mortadelo incluso ), pero luego disminuyó. A destacar eran los dos únicos pelos que tenía en la cabeza. 

En 1966, Los estudios de Rafael Vara adquirieron permiso para utilizar los personajes de la editorial Bruguera para realizar dibujos animados. Escogieron a Mortadelo y Filemón porque, al ser detectives, da lugar a una sucesión de gags y de cambios frecuentes de escenario. El primero cortometraje, "Agencia de Información" ( se nota que era un episodio piloto ) ganó el primer premio PLATERO en el festival internacional de cine y televisión para niños en el festival de gijón en 1966. Era un episodio piloto porque al principio se presentó los estudios de animación ( aparecen seres reales ) y a algunos personajes de Bruguera en acción. Al finalizar el episodio, aparece el estudio de animación yéndose y uno escribe con témperas en una hoja la palabra "FIN".

Se hicieron más cortometrajes, recogidos en dos festivales. Algunos títulos son: La invitación, Carioco y su invención (aparecen doña Urraca y Carioco), Un marciano de Rondón, Espías en la legión, Más de un ladrón, El jarrón de Hong-Kong (de nuevo aparece doña Urraca), etc.

En 1971 se estrenó el primer largometraje: El armario del tiempo. Estaba dividido en 7 cortometrajes y apareció un personaje nuevo propiedad de Rafael Vara: el profesor Chiflágoras, primo de Filemón. El estilo de los dibujos, tanto en los cortos como en la película, eran excelentes a pesar del bajo presupuesto ( a veces se notaba los borrones de pintura en los dibujos ) y el doblaje era sensacional, el mejor que se ha hecho hasta ahora. La banda sonora también es inolvidable.

En 1969, Mortadelo y Filemón dejaron su agencia de información para incorporarse a la T.I.A ( Técnicos Investigación Aeroterráquea, parodia de la C.I.A ) en donde aparecen personajes como el Súper, el profesor Bacterio, la señorita Ofelia,...Se han publicado aproximadamente 200 albúmes hasta la fecha. En 1994 tuvo una serie de dibujos animados basada en los cómics realizada por la BRB y en el 2003 salió un largometraje en carne y hueso, protagonizado por Benito Pocino y Pepe Viyuela.