Habib Koïté est originaire du Khasso, la région autour de Kayes dans l'ouest du Mali, près de la frontière sénégalaise. même s'il était né au Sénégal, de parents maliens. Après le lycée, il intègre l'Institut National des Arts à Bamako pour des études en musique. Une fois ayant obtenu son diplôme en 1982, il y reste pour enseigner la guitare.
Des ses origines khassonke, il a su modernisé la musique et le rythme "danssa", en y ajoutant des éléments d'autres musiques maliennes mais aussi du blues.
En 1988, il crée son propre groupe, Bamada. Après avoir remporté un premier prix au Festival Voxpole à Perpignan en France, il a eu l'occasion d'enregistrer deux chansons, Cigarette a Bana, et Nanalé. Avec cette dernière chanson, il gagne le Prix Découverte RFI en 1993. C'était le départ pour des participations aux plusieurs festivals internationaux. Ce n'était qu'en 1995 qu'il a finalement enregistré son premier album en Belgique. L'album a été bien reçu et son deuxième album, où il se sert davantage des instruments traditionnels, sort en 1998. Le succès ne se fait pas attendre et ses fans avaient du mal à attendre 2001 pour la sortie du troisème album Baro.