สำหรับผู้ปลูกเลี้ยงเฟิน การศึกษาถึงโครงสร้างของต้นเฟิน ก็มีความสำคัญเช่นกัน เพื่อทำความเข้าถึงลักษณะของการเจริญเติบโต การปรับตัวให้เข้ากับสิ่งแวดล้อม ลักษณะของโครงสร้างต้นที่สัมพันธุ์กับถิ่นที่อยู่อาศัยของเฟิน รวมถึงการขยายพันธุ์เฟินด้วยส่วนต่างๆ ของต้นด้วยเช่นกัน เหล่านี้ ล้วนเกี่ยวข้องกับความเข้าใจในโครงสร้างของเฟินทั้งนั้น

ราก
รากของเฟิน มักจะมีลักษณะเป็นฝอยเล็กละเอียด แตกเป็นฝอยย่อยจำนวนมาก รากของเฟินทำหน้าดูดน้ำและธาตุอาหาร และทำหน้าที่พยุงลำต้นและใบให้สามารถตั้งชูขึ้นไป เฟินบางชนิดจำพวกเฟินเกาะอาศัย รากทำหน้าที่ยึดเกาะกับสิ่งที่มันข้นอยู่ เช่น เฟินข้าหลวง Asplenium sp. เฟินชายผ้าสีดา Platycerium เป็นต้น เฟินจำพวกกูดต้น Tree Fern ตามลำต้นจะเต็มไปด้วยระบบรากหนาแน่น รากเหล่านี้เป็นรากอากาศ นอกจากจะทำหน้าดูดน้ำฝน หรือละอองน้ำในอากาศแล้ว ยังทำหน้าเสริมตวามแข็งแรงของเหง้าให้สามารถชูตั้งขึ้นไปได้สูงหลายเมตร เฟินบางชนิด รากทำหน้าที่ช่วยขยายพันธุ์ ด้วยการสร้างต้นอ่อนใหม่ที่ปลายรากได้ เช่น เฟินชายผ้าสีดาบางชนิด ตัวอย่างเช่น ชายผ้าสีดา P. bifucatum ที่สามารถให้ต้นอ่อนใหม่ได้ เมื่อปลายรากเจริญออกมาสัมผัสกับอากาศและได้ความชื้นในอากาศดี อย่างเฟิน Polystichum sp. ชนิดหนึ่ง ก็สามารถเกิดต้นอ่อนที่ปลายรากได้เช่นกัน ต้นอ่อนใหม่เหล่านี้ สามารถแยกออกไปปลูกเป็นต้นใหม่ได้ด้วย

ใบ

ใบเฟินเกิดจากส่วยยอดของเหง้า ใบอ่อนที่ออกมาใหม่ จะม้วนขดเป็นวง เรียกใบอ่อนที่ยังไม่ม้วนคลี่ว่า crozier หรือ fiddlehead ใบอ่อนมักมีขนหรือเกล็ด (scale) ปกคลุม เพื่อหน้าที่ปกป้องอันตรายในช่วงที่ใบยังอ่อนและเปราะบางจาก
เมื่อใบอ่อนเจริญเติบโตคลี่ออกมาจนเป็นใบที่โตเต็มที่เป็นใบใหญ่ ประกอบด้วย ก้านใบ (stipe หรือ petole) และตัวแผ่นใบ (blade) ก้านใบทำหน้าชูหรือพยุงแผ่นใบไว้ ก้านใบของเฟินมักมีขนหรือเกล็ด บางชนิดมีก้านใบสีแดง บางชนิดสีดำเป็นเงามัน บางชนิดเป็นสีเขียว แต่เฟินบางชนิด ไม่มีก้านใบให้เห็นเลยก็มี ลักษณะของก้านใบและขนที่ก้านใบ สามารถใช้เป็นลักษณะบ่งบอกหรือจำแนกชนิดเฟินด้วย โดยเฉพาะพวกกูดต้นในสกุล Cyathea หลายชนิดดูลักษณะทั่วไปแทบแยกชนิดไม่ออก จำเป็นต้องอาศัยขนหรือเกล็ดที่อยู่ตามก้านใบ
ส่วนภายในก้านใบประกอบด้วย เนื้อเยื่อท่อน้ำ ท่ออาหาร ที่จัดเรียงตัวในรูปแบบต่างๆ ซึ่งสามารถใช้เป็นลักษณะในการจำแนกชนิดเฟินได้เช่นกันด้วย

รูปร่างของใบเฟิน มีลักษณะแตกต่างกันออกไป เช่น ใบเดี่ยวปกติ (simple fronds) ใบประกอบแบบขนนก ที่มีใบย่อยใบเล็กลงไป บางชนิดเป็นใบประกอบแบบขนนก 1 ชั้น 2 ชั้น หรือ 3 ชั้น
ใบประกอบแบบขนนนก ใบย่อยชุดแรก เรียก pinna หรือ pinnae ใบย่อยชุดต่อไปที่มีก้านแตกแขนงออกไปอีก เรียก pinnules

สปอร์ spore

สปอร์ ของเฟินมักจะเกิดอยู่ที่ท้องของใบ หากลองพลิกดูท้องใบเฟิน บางครั้งเราจะเห็นเป็นจุดเล็กๆ หรือเห็นเป็นพืด สีน้ำตาล เรียกว่า กลุ่มอับสปอร์ sori (sorous พหูพจน์ ) รูปร่างของอับสปอร์ของเฟินบางชนิดเป็นรูปร่างกลม รูปร่างรี รูปร่างเส้น รูปร่างแบบเมล็ดถั่ว หรือรูปตับ เฟินบางชนิด สปอร์ไม่ได้อยู่เป็นกลุ่มก้อน หรือเป็นแถวยาว แต่อาจเกิดกระจายอยู่ทั่วหลังใบ ภายในอับสปอร์เหล่านี้ มีถุงบรรจุสปอร์ เรียก สปอร์แรงเกียม (sporangium)

อับสปอร์ของ Asplenium sp.

เฟินบางชนิด เมื่อสปอร์ยังไม่แก่ อาจมีเยื่อบางๆ ปิดหุ้ม เยื่อนี้เรียกว่า เยื่ออินดูเซียม indusium บางชนิดไม่มีเยื่อนี้ปิด โดยเผยให้เห็นสปอร์แรงเกียได้ชัดเจน และเฟินบางชนิด ไม่มีเยื่อินดูเซียมแท้ แต่ขอบของใบ ม้วนกลับลงมาปิดหุ้มแทน อย่างนี้เรียก เยื่ออินดูเซียมเทียม รูปร่างของอับสปอร์ ตำแหน่งที่อยู่ของอับสปอร์ รูปแบบการจัดเรียงตัวของอับสปอร์ ชนิดของอินดูเซียม เหล่านี้เป็นลักษณะสำคัญในการจำแนกชนิดเฟิน

อับสปอร์ หากใช้กล้องขยายส่องดู จะเห็นส่วนประกอบย่อยของสปอร์แรงเกียม มี ก้าน (stalk) ตัวอับสปอร์ (capsules หรือ cases) ภายในบรรจุสปอร์เล็กๆ จำนวนมาก โดยมี แอนนูลัส (annulus) คาดรัดสปอร์เล็กๆ เหล่านั้นไว้ และเมื่อสปอร์แก่ แอนนูลัสจะดีดเปิดออกแบบสปริง เพื่อทำหน้าที่ดีดให้สปอร์ฟุ้งกระเด็นออกไป ขนาดของสปอร์แต่ละอัน มีขนาดเล็กมากดูคล้ายฝุ่น รูปร่างสปอร์มี 2 แบบ คือ รูปร่างกลมรี คล้ายเมล็ดถั่ว และรูปร่างสามเหลี่ยมปิรามิด

อับสปอร์ของเฟินชายผ้าสีดา หูช้าง (ไทย) Platycerium holttumii

สปอร์ของเฟินแต่ละชนิดมีสีแตกต่างกัน บางชนิดสปอร์สีดำ สีน้ำตาล สีเหลือง และสีเขียวก็มี สำหรับสปอร์สีเขียว จะเป็นสปอร์ที่มีอายุสั้น อาจสั้นเพียงแค่ 1-2 วันเท่านั้น หากพ้นจากนี้ไป ความสามารถในการงอกของมันจะหมดไป ส่วนสปอร์สีน้ำตาล หรือสีดำ จะมีอายุอยู่ได้นานกว่า บางทีอาจเป็นปี หรือหลายปี

อับสปอร์ของ Polystichum sp. เป็นเม็ดกลม

อับสปอร์ของ Blechum sp.

อับสปอร์ของ Diplazium sp.