Tο Κουφονήσι απέκτησε για πρώτη φορά εκπαιδευτικό ίδρυμα το 1896. Από τότε λειτούργησε χωρίς διακοπή πρωτοβάθμια εκπαίδευση. Γυμνάσιο λειτούργησε για πρώτη φορά το 1986.Τον Οκτώβριο του 2001 ένα όνειρο πολλών γενεών έγινε πραγματικότητα. Χτίστηκε νέο ευρύχωρο κτίριο, το οποίο στέγασε το Νηπιαγωγείο, το Δημοτικό, το Γυμνάσιο, το ΤΕΕ και το Ενιαίο Λύκειο. Η νέοι του νησιού βρίσκουν στο νέο κτιριακό συγκρότημα ένα ζεστό, φιλικό περιβάλλον, έτοιμο να υποδεχτεί τις εκπαιδευτικές, αθλητικές και πολιτιστικές τους εκδηλώσεις.
