Το Κουφονήσι είναι το απόλυτο ψαροχώρι. Όλες οι οικογένειες ασχολούνται με την αλιεία. Οι λίγες καλλιέργειες που υπάρχουν στο νησί, οι λίγες κατσίκες ή αγελάδες ουσιαστικά καλύπτουν μόνο τις οικιακές ανάγκες των κατοίκων. Με μια δόση υπερβολής οι ίδιοι συνηθίζουν να λένε ότι τα καίκια είναι περισσότερα από τις οικογένειες του νησιού. Γεγονός είναι πάντως ότι με 35 μεγάλα σκάφη χωρίς να λογαριάσει κανείς τα χταποδιάρικα και τα μικρότερα, το Κουφονήσι διαθέτει το μεγαλύτερο αλιευτικό στόλο στην Ελλάδα αναλογικά με τον πληθυσμό του.
Ο τουρισμός ανακάλυψε τα Κουφονήσια μόλις την τελευταία δεκαετία και ο τόπος ακόμα διατηρεί αρκετή από την παρθενική του γοητεία. Παρόλο που τα τελευταία χρόνια γίνεται ολοένα και πιο δύσκολο να εξασφαλίσει κανείς μια παραλία ολοδική του και οι πιονέροι της άγονης γραμμής βρίσκουν την ευκαιρία να παραπονεθούν πως το νησί ανακαλύφθηκε, η χρυσαφένια άμμος και η προκλητικά αστραφτερή θάλασσα είναι περισσότερο από αρκετή αποζημίωση.
Ο λευκός ανεμόμυλος στα αριστερά της προκυμαίας του λιμανιού μοιάζει να καλωσορίζει τον επισκέπτη, ενώ πιο πάνω απλώνεται η χώρα με τα τυπικά κυκλαδήτικα ασβεστοβαμμένα σπίτια.
Οι κάτοικοι αμόλυντοι ακόμα από το μικρόβιο του οργανωμένου τουρισμού σε κάνουν από την πρώτη στιγμή να νιώσεις σχεδόν φιλοξενούμενός τους. Πρόθυμα θα σε μεταφέρουν με το αγροτικό τους μέχρι τις πιο μακρινές παραλίες, ενώ το κόστος της ναύλωσης του καϊκιού μέχρι το Κάτω Κουφονήσι, το Γλαρονήσι ή τις παραλίες του νησιού είναι λογικό. Λογικές είναι επίσης οι τιμές των δωματίων και του απολαυστικού φαγητού. Στο νησί υπάρχει ταχυδρομείο, αρκετά εστιατόρια και ταβέρνες, ξενοδοχεία και ενοικιαζόμενα δωμάτια, τα περισσότερα στη Χώρα και στο Χαροκόπου. Η ελεύθερη κατασκήνωση γενικά απαγορεύεται αλλά στην παραλία του Χαροκόπου, περίπου 1,5 χλμ από το λιμάνι, λειτουργεί οργανωμένη κατασκήνωση (Camping) που προσφέρει τις \στοιχειώδεις ανέσεις.
Τα Κουφονήσια συνδέονται όλο τον χρόνο με τακτικά δρομολόγια πλοίων με τον Πειραιά και την Ραφήνα. Ο θρυλικός “Σκοπελίτης” επίσης, Χειμώνα- Καλοκαίρι εκτελεί συχνά το δρομολόγιο “Αμοργός- Δονούσα-Κουφονήσια- Σχοινούσα- Ηρακλειά- Νάξος” και αντίστροφα.
