遊戲開始，先選擇男／女主角，再替主角改名（可選擇預設的／自己用平假名改名）
一開始閣下會身處於純白鎮家中二樓，先從電腦拿出キズぐすリ一個（加HP 20)，按どうぐ あずかリ→どうぐを ひきだす→キズぐすリ
然後出家門，向上行到草堆，遇見大木博士，他會帶您到研究所，然後請從桌上選擇精靈（三選一）
選完後，小茂會選擇剋你屬性，並跟你對戰。
打贏之後，走出研究所，再往北方走到一村莊內，到商店去，店老闆會給你一樣東西。
回到純白鎮，去研究所跟大木博士講話，他會給你寵物小精靈圖鑑。
跟小茂媽媽（右上方民宅），會給你地圖。
在去上方的村莊，現在可以買精靈球（200元）可收服寵物小精靈。
在往上走，走到常青森林。
常青森林內有許多昆蟲類寵物小精靈，運氣好可以遇到比卡超，之後你會到達深灰市。
到達了深灰市，先去打道館吧，這關道館是岩石系的。 用奇異種子、車厘龜可以一招殺XD
GYM1
場主小剛：
使用屬性：石系＋地面系
Lv.11 男
Lv.14 男
上方研究可花50元可進去參觀
到右邊起程，見一名博士，得跑步鞋(B+方向鍵）
往右邊走，中途有些訓練家，打敗他們吧！
到達觀月山，進去前先去寵物小精靈中心補個血。
觀月山內可遇到以前尚未遇過的精靈，像「皮皮」等…。
內側可以得到一些道具，也會有許多訓練家，小心，很多冤枉路！
到達最內側，打贏一個訓練家，可以拿一個化石。（左邊是萬年蟲，右邊是菊石獸）
出去觀月山吧！
出了洞窟，再向東走，到達淺藍市。
先提昇等級，去挑戰第二個道館，
GYM2
場主小霞：
使用屬性：水系
Lv.18 水屬性
Lv.21 水/超能力屬性
勝利後，可得技03。
先補血，訓練好精靈，之後上城市上的橋，見宿敵
對戰宿敵：
比比鳥 Lv.17 男
(奇異種子/車厘龜/小火龍) 剋你的精靈 Lv.18
卡斯 Lv.16 男
小哥達 Lv.15 男
對戰完後得Voice Checker，用法不明。
之後繼續上橋對戰，轉右到盡頭入屋
走到海邊小屋，先和屋內皮皮談話，再操作電腦以幫助皮皮恢復成人類，他會給你船票；之後可以觀看寵物小精靈伊貝、雷伊貝、水伊貝和火伊貝的資料。
接著請回道館從後面的房屋進去，和火箭兵團對打，打贏得到技28（挖地）
在往下在，中途會有飼育屋，可養育寵物小精靈，需要花錢。
往地下通道走，走出後到達6號道路。
往下走到秋色市。
秋色市中，有一間屋子（PC左邊），有個人會給你低級釣竿。（只能釣到
鯉魚王）
PC內問一女子（在櫃檯前），會得到Battle Searcher，用來搜索精靈
去寵物小精靈俱樂部（GYM上方）問大叔拿交換卷，回到淺藍市的腳踏車店可換腳踏車（比紅藍寶石版的腳踏車慢XD）。
去港口坐船吧！
提示：船上第一層上排右二的房間可醫療精靈
在船上有些訓練家，房間裡有些很好的道具，緊記執拾，因為此船打完便
會離開港口。
走到二樓，會與宿敵小茂對戰。
之後去船長房間拿秘傳招式01（砍樹）。
離開船後就可以到此村的道館去。
調查那些桶子會有反應，需連續兩次調查到正確的，（先調查一個,如果對了另一個就在附近），館主的門才會打開。
GYM3
場主馬志士：
使用屬性：電屬性
Lv.21 電屬性
Lv.18 電屬性
Lv.24 男 電屬性
打完請到城市上方問一名研究員，然後去地鼠洞穴抓一些地鼠，出去後可往下走一間大屋問一名研究員去拿秘傳招式05（閃光）（最少要捕捉10隻寵物小精靈）
，亦可透過地鼠洞穴返回常青市。
請回到淺藍市，將東邊的樹砍倒，向東行，到達最東邊，有一個寵物小精靈中心，旁邊是黑暗洞窟。
而下方的無人發電廠，等學會了游泳再去，內有雷鳥。
黑暗洞穴請使用閃光來照亮。
通過黑暗洞窟，向南行，即可到達紫苑鎮，此村莊有一棟很大建築物是寵物小精靈靈塔，先別進去，向西走，到了一間有地道的屋子，穿越後可到達彩虹市。
彩虹市有一間大型百貨公司，可以購得許多重要道具，有多餘錢的話，不妨補給一下。
到大型百貨公司樓頂買飲料，便可以過東邊的金黃市（買最便宜的那罐就可以了）。
注意，城市有一棟大廈有後門，進入並上到頂樓可以獲得稀有精靈伊貝！
先別心急去金黃市，建議先處理火箭兵團事件
到城鎮裡的波子機中心，裡面有很多人玩遊戲機，行到右上，發現火箭兵團成員觀看一張海報
與他戰鬥，戰鬥完後調查海報，發現秘道
進入後一直落去B4樓，與左上方的人戰鬥
戰鬥完後他會給你升降機鎖匙
回B2樓，過方向地板（請用你的智慧），乘升降機到B4樓的另一面，與門口的兩名火箭兵團成員戰鬥
門打開，先存檔，再與沙加老大戰鬥，小心，他實力幾高
獲勝後，記得執拾地下的精靈眼鏡，以進入紫苑鎮靈塔之用
乘升降機回B1，與最後一名團員，離開波子機中心，此時GYM門前已經沒有人擋路，可進入去戰鬥
GYM4
使用屬性：草系
Lv.29 女
Lv.24 女
Lv.29 女
請小心！場主喜歡用麻痺
獲勝後，請你到紫苑鎮靈塔，消滅塔上的精靈－格拉格拉，以獲得精靈之笛喚醒擋路的卡比獸
進入紫苑鎮靈塔，二樓會遇見宿敵，強制進入戰鬥！
對戰宿敵：
比比鳥 Lv.25 男
蛋蛋 Lv.23 男
尤基立 Lv.20 男
(奇異種子/車厘龜/小火龍) 剋你的精靈 Lv.25
鯉魚龍 Lv.22 男
一直上，遇見格拉格拉(LV.30)，不能捕捉（不信你試試），只能殺掉牠
殺掉格拉格拉後，上樓梯，與幾名火箭兵團成員對戰後，與伯伯談話
突然你會回到他家，再一次與他談話，得到精靈之笛，現在你可以用它來喚醒擋在12號道路及16號道路的兩隻卡比獸，如在戰鬥時使用它雙方的精靈均可解除睡眠狀態
現在，盡情去捉卡比獸吧！你便可以繼續上路了！
建議你用彩虹市西邊的16號道路到達淺紅市
先到16號道路，暫時別喚醒卡比獸，先砍樹，再轉左通過關卡進入一間屋
在屋內問小女孩，得秘傳招式2號（飛行）
安裝後你便可以飛到你曾到過的城市PC門前，不要再辛苦地輾轉來回了！
現在，返回剛才卡比獸的地方，存檔，在卡比獸面前按A掣，用精靈之笛喚醒牠(LV.30)
卡比獸攻擊力很強，小心！
捕捉後，一直繼續沿路去
注意，你會到達單車徑，請確認你已經拿了單車並且在身上
由於這是斜路，很快你便到達了淺紅市
記緊先補血才挑戰場館喔！
場主Level很高！
第五間GYM裡面有一些帶有白色點的阻礙物，請用眼睛看清楚啊！
GYM5
場主：阿梗
使用屬性：毒系
Lv.37 男 X2
Lv.39 男
Lv.43 男
小心敵人用自爆及小心己方精靈中劇毒
戰鬥完後，到淺紅市最北的屋（要用砍樹），進入野生園野區。進入這裡你可以見到很多新的精靈，但值得注意的是你每次進入要付款500圓，而且每次只能在園內移動六百步，當你過了六百步便會強制離開。
進入的目的是為了得到秘傳機器03（游泳）及尋回きんのいれば（假牙），以換取秘傳機器04（推石）
請多來數次熟習環境，因為拿秘傳機器03的屋子及拿きんのいれば的地方都很偏遠，きんのいれば是在拿秘傳機器03的屋子附近地上的一個精靈球，記得執起喔！
提示：在新一版中，縱使你不識日文，但在背包一項中你可以見到你所有道具的真面目，較以前方便得多！
拿到游泳，你便可以在精靈世界中任何水域游泳，到達更多神秘地方，例如可到無人發電廠捕捉雷鳥、到雙子島捕捉急凍鳥、到紅蓮島挑戰場主夏伯等等！
拿到きんのいれば後，到城市中PC右邊的屋內，問裡面的伯伯，便可得到秘傳機器04（推石），使你可以移動方形棕色的岩石！
飛回彩虹市，到PC左邊第一間高樓大廈，問婆婆可得一杯茶
然後向東走，守衛便讓你過路了，歡迎來到金黃市！
先補血，再進入城中最大座的火箭兵團基地
過關關鍵是拿鎖匙，鎖匙在五樓的東南偏南方向，用你的智慧吧！
拿了鎖匙後，到三樓中左位置的房間，用鎖匙開門，踏轉移地板，到七樓左上角，見宿敵，強制對戰。
對戰宿敵：
大比鳥 Lv.37 男
蛋蛋 Lv.38 男
富迪 Lv.35 男
(奇異種子/車厘龜/小火龍)剋你的精靈 Lv.40
鯉魚龍 Lv.39 男
戰勝後，問下面的男生可得背背龍(Lv.25)
踏轉移地板，到十一樓，與火箭兵團及沙加老大戰鬥吧！
戰勝後，問最上的伯伯可得極級球，這球可100%成功收服任何精靈，非常珍貴，只此一個，故此切勿亂用！
離開後，到PC補血，然後可以到金黃市最右下的屋內得到招式29（精神念力），然後去挑戰金黃場館吧！
你亦可以先到左邊的格鬥場館拿沙古拉或比華拉（Lv.25，二選一），再去挑戰金黃場館。
進場館後，踏轉移地板想辦法到場館最左上的室內，然後踏左下的轉移地板，即可到場主面前。
GYM6
使用屬性：超能力系
Lv.38 男
Lv.37 女
Lv.43 男
Lv.38 女
獲勝後可得招式04，然後，去紅蓮島吧！
用飛行飛至純白鎮，向南方游泳，到紅蓮島。
上岸後，先到PC補血，並用飛行飛到深灰市（小剛那個城），行至城市的右上角，用砍樹，進入博物館的另一頭。
進入博物館後，與站在石的左邊的那個研究員談話，得化石飛龍的化石。所以，你手上現時共有兩個化石。
然後，飛回紅蓮島，進入左下方的研究所內的最右邊房間，和研究員談話，先選一個化石交給他，出去，再入房，可得一隻化石精靈，如此類推多一次，兩隻古代化石精靈就到手了！（每隻均是Lv.5）
然後，你要去GYM左邊的大屋拿場館鎖匙，重點在於屋內聖像。
調查聖像，打開一間房，內裡有樓梯，上！
然後，經過一番轉折，到達某層樓右下角，有兩個空位可以跳樓的，跳左邊那個空位
之後，落樓梯，繼續調查聖像開動機關，場館鎖匙就在左上角的那室的檯上，祝閣下好運！
拿到鎖匙，可用救生繩或調查同層樓中間房的聖像，落一層樓用出口離去（請多試試觀察環境！）
離開後，先補血，然後，你可以正式挑戰場主夏伯了！
這島場館是屬於火系，特別的是這場館你不用與每個手下決戰，只要答對每卡牆上的問題便可省去戰鬥
答案如下：
第一關卡：是
第二關卡：是
第三關卡：否
第四關卡：否
第五關卡：是
第六關卡：否
過了關後便可正式與場主挑戰！
GYM7
場主：夏伯
使用屬性：火系
Lv.42 男
Lv.40 男
Lv.42 男
Lv.47 男
請小心威力大的大字燒！
戰勝後可得招式38（大字燒）
一出場館，你便會被人拉去上船，到達謎之島1。這人會帶你到PC，並且正輝出現，給你更新圖鑑及地圖。
這世界有好多島，野生精靈等級也提升不少。值得注意的是，在謎之島1用游泳游到最上的小島，再過山洞更有火鳥可以捕捉！(Lv.50)
來到1ソウネPC，獲得ЬьユеЗ、ゆモオわ。
向上行是ナサベソノグ。途經洞窟シパウヂれモオモ，溫泉旁老伯會給你秘傳06：碎石。
繼續上行，游水到達シパウヂビネ(燈火山)。面壁肥佬會教精靈學習招式クゆタゑゾコ。在山頂會發現Lv50иャユчみ(火鳥)。
(火箭兵團！？難道……)
1ソウネ碼頭向下游ギろヘソゾネ
回碼頭到2ソウネ。
在わマソノイわ民居，首位精靈親密度高(？)的話可習得гユЭ①ロв⑦、гみЭкь⑦Ь、йьЗЬдみ⑦等強力招式！！！
再到碼頭往3ソウネ。
連續4場打倒3ソウネ村內的飛車黨。
左行，經過わォスタウ到わソノソパベ(木之果實森林)。
在わソノソパベ最深處找到小女孩，與Lv30Зэみеみ強制戰鬥。
自動返回2ソウネ的ヴみуヵみЮみ，向男人以ゆモオわ換取コわソゆウ。
回1ソウネPC找сДワ可返回ヲя⑦ェネ。
以後可於ヱХд碼頭乘船來回。
到Ьワ③ЁЪュ，左下方的肥仔會教精靈學習招式
挑戰第八GYM。Дロワ以地系為主。防禦力、速度各有高低，要小心。
GYM8
Lv45 
Lv42 
Lv44 
Lv45 
Lv50
戰勝獲得招式26。
再質問Дロワ會逃走。
9路PC旁水道向下游是ハェモゾコザモウブ(無人電廠)。
最深部棲身著Lv50Д⑦Фみ(雷鳥)
(內有招式25、17)
在22路遇上宿敵挑戰。
取勝後向23路進發，經過8次勝章檢查，順利進入Хц⑦зレ⑦①みЭ(Champion Road)
Хц⑦зレ⑦①みЭ內把石頭壓在開關上(一氣呵成，成功前不可離開)，才能通過。
(內有招式02、37、07、50)
出口前的少年會教精靈學習招式エサノヱУЧヱю。
出了Хц⑦зレ⑦①みЭ到達Йワリユアよァモ……
預備好一切物品後，開始рンх⑦эみヲ。
科拿team︰
lv52 白海獅
lv52 大呆獸
lv54 背背龍
lv54 紅唇娃
lv51 鐵甲貝
斯巴team︰
lv51 大岩蛇
lv53 比華拉
lv56 怪力
lv53 沙古拉
lv54 大岩蛇
嘉穎team︰
lv54 耿鬼
lv54 大口蝠
lv56 亞柏怪
lv58 耿鬼
lv53 鬼斯通
蘭斯team︰
lv56 鯉魚龍
lv58 化石飛龍
lv54 哈古龍
lv54 哈古龍
lv60 啟暴龍
宿敵 team︰
lv59 大比鳥
lv59 鐵甲暴龍
lv57 富迪
lv61 奉神犬/鯉魚龍/椰樹獸
lv59 椰樹獸/奉神犬/鯉魚龍
lv63 噴火龍/奇異花/水箭龜
一段感人的爆機畫面後，回到сДьУヨ⑦。
當捕捉超過60隻精靈，博士會為你與宿敵升級精靈圖鑑(加入カモアゑ地區)
博士要你到1ソウネ。
到Йワリユアよァモ發現рンх⑦эみヲ關閉。
先在ヱХд碼頭坐船到1ソウネ。往PCбЧЬ③みヱсЁ⑦找ЯЁワ。
上行，游水到シパウヂビネ，與火箭兵團打起來！
擊倒兩人進入洞穴(利用推石)，在最深處找到южみ(紅寶石)
將южみ交給ЯЁワ，安裝在бЧЬ③みヱсЁ⑦上。並獲得ЮЮШс全7島地圖。
坐船到4ソウネ，這裡有養育屋。
右上方是ゆサクわソジよゑコ。洞內薄冰踏兩下會碎裂，利用此特點取得秘傳07：衝瀑。
利用衝瀑衝上ゆサクわソジよゑコ的瀑布，在深處找到ロ⑦Ю正與火箭兵團對峙。
擊倒火箭兵團，去5ソウネ。
5ソウネ右行，在5ソウネ やわグ發現上了鎖的火箭兵團建築。
先不管，游到右下方れパゆザソシよ(紀念島)，在ユ③ワХ(岩木)的石碑柱前淋汽水，獲得招式42。
5ソウネ向東北行到ヶみЩцЗэМみЬ民居，屋主ヤワо不在
東游至ろりヘォソやス，以肥佬為起點：
右→下(ソモわソれアよ)
右→上→下(少女)→上(よウれソれアよ)
右→上→下(少女)→下→右→右(ァモわソろギネベ)
右→上→下(少女)→下→右→左→下→左(ツウゐスヤф)
右→上→下(少女)→下→右→左→下→右→上(女人ヤワо)
打倒ヤワо。
續往6ソウネ。先向上游，進入ウペウソゾビウ(記憶森林)→ノジベソイモヌノグ(綠色散步徑)，再游到ゾォホソウネ(空島)。果然島如其名，лモァソジよゑコ(變化洞窟)內是空的XD
改往下行，ゆオわソギズ(遺跡之谷)中央的點字門用斬樹打開。
進入サモソやス(天之洞穴)，依次"中→上→左→右→下"跳便可發現Диャユヤ(藍寶石)，卻被火箭兵團研究員搶走！！
臨走前，他好像說： 「ロйЬゾ シヅろ」(萬年蟲識飛？)呢……@@"
別管他，先跑完ЮЮЁс。
在7ソウネ上行是ЬяみЮみУ③み(訓練員塔)。以TIME ATTACK(計時賽)形式打倒4層訓練員再乘電梯回到B1。(似乎達到某時間以下有星……)
碼頭向下走，橋上少年會教精靈學習招式コペゐソネゆ。
經ウゲヌよんゆアゑ(七寶溪谷)，走進ヤЗロЮソろゐ(ASUKANA之鍵)將所有石頭推進坑位。嗯？像打開了什麼……
繼續下行，途中有回復健康舞(？)。下水分別有：(左至右)
ヤяпロソオわウコ(AREBOKA之石室)；
ヵЬみソオわウコ(KOTO之石室)；
レэиソオわウコ(ORIFU之石室)；
ヤаЕソオわウコ(ANUZA之石室)；
ヵヶソオわウコ(KOGO之石室)；
ЮЕ⑦ソオわウコ(NAZAN之石室)；
ユяЗソオわウコ(IRESU之石室)
內部發現Lv25ヤ⑦вみ⑦！？
大致上跑完ЮЮЁс，是時候來個了結。
到5ソウネ やわグ，進入①ンЧЬクモガよア(火箭兵團倉庫)，擊倒研究員搶回Диャユヤ。(內有招式36)
同樣地，將Диャユヤ交給1ソウネ的ЯЁワ，бЧЬ③みヱсЁ⑦會升級為Lv2。
完成ЮЮЁс劇情，以後就可與R/S連線！(R/S亦會自動升級至カモアゑ圖鑑)
Йワリユアよァモ的рンх⑦эみヲ重新開放，四天王由Lv64起跳。但已經不打緊了……XD
科拿team︰
lv64 白海獅
lv63大山豬
lv66 背背龍
lv66 紅唇娃
lv63鐵甲貝
斯巴team︰
lv65 大鋼蛇
lv65比華拉
lv68 怪力
lv65沙古拉
lv66大鋼蛇
嘉穎team︰
lv66 耿鬼
lv66 叉字蝠
lv68 亞柏怪
lv70耿鬼
lv65 No.200(火紅/草綠圖鑑)
蘭斯team︰
lv68鯉魚龍
lv70 化石飛龍
lv66 刺龍皇
lv66啟暴龍
lv72 啟暴龍
宿敵 team︰
lv72獨角仙
lv72班吉拉
lv73 富迪
lv73 奉神犬/鯉魚龍/椰樹獸
lv73 椰樹獸/奉神犬/鯉魚龍
lv75 噴火龍/奇異花/水箭龜
往淺藍市，在25路向下游發現淺藍洞窟。
把守最深處的是Lv70超夢夢。