Überwiegend Nachteile für junge Forscher sieht der Allgemeine Fakultätentag, sollte die Juniorprofessur Regelzugang zur Hochschulllehrer-Laufbahn werden. Ungewisse Zukunftschancen, eine starke Vereinzelung der Jungforscher und die Tendenz zur Immobilität befürchten die im Fakultätentag zusammengeschlossenen Wissenschaftler, weil der Nachwuchs zwar alle Aufgaben herkömmlicher Professoren übernehme, nebenher aber noch seine wissenschaftliche Qualifikation betreiben solle und dabei unter ständigem Evaluationsdruck stehe. „Die angestrebte größere Unabhängigkeit des wissenschaftlichen Nachwuchses wird in Wirklichkeit nicht erreicht“. Der Allgemeine Fakultätentag fordert stattdessen eine weit gehende Öffnung des Systems: Neben der neuen Juniorprofessur sollen auch die herkömmliche Habilitation sowie andere Qualifikationswege zu einem Lehrstuhl führen können.

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