E' il temutissimo comandante della NERV e il paparino di Shinji.  Il suo cognome era in origine Rokubungi, ma è stato cambiato dopo il matrimonio con Yui Ikari (non mi meraviglia il fatto che lo abbia cambiato...). 

 É diventato il presidente del progetto Evangelion. Dopo la morte di Yui, Il suo unico obbiettivo è stato quello di fermare gli angeli e di portare a compimento il Third Impact, cioè riunirsi con l'unico essere che lui abbia amato. Inoltre si è occupato del "progetto Adam" e del "progetto per il perfezionamento dell'uomo".

Determinato e interessato solo al suo lavoro, Gendo è completamente indifferente alla vita del figlio, mentre sembra dimostrare un inspiegabile attaccamento nei confronti di Rei.