Nel primo periodo (1794-1796) concorda con Fichte; ma durante il secondo periodo (1797-1799) si occupa della filosofia della Natura e critica Fichte, che, secondo lui non ha compreso l’importanza della Natura: se per Fichte la Natura era governata solo da un principio di causa effetto, in cui tutto è scontato, per Schelling, la Natura agisce indipendentemente: ha caratteristiche di tipo vitale, spirituale, creatrici; non è più il teatro delle nostre azioni, perché bisogna ripensare all’infinito: se vediamo l’infinito come puro soggetto, riusciamo a comprendere come nasca la Natura. L’assoluto non deve essere né solo soggetto né solo oggetto: Schelling si rende conto che pensare all’infinito solo come soggetto non va bene. perché deve essere una sintesi profonda di soggetto e oggetto: natura e spirito, si tratta di conciliare l’Io e la Natura per comprendere più a fondo la totalità dell’esistente. Ci debbono essere principi anche sulla Terra: la Natura non può essere intesa come un puro nulla, come una semplice passività. Se l’assoluto è oggetto più soggetto, allora un progressivo spiritualizzarsi della Natura implica che dentro la Natura ci siano caratteristiche divine. Ci sarà una naturalizzazione dello spirito: la Natura diventa intelligenza creatrice, si forma con la forza di attrazione e repulsione, è autonoma; dà leggi a sé stessa, è autarchica: bastano i suoi principi immanenti, inoltre, svolge un’attività creatrice: è organismo: un tutto vivente in cui tutto si riproduce e il tutto è sempre superiore alla parte.
La Natura è idealità fatta a corpo: non la si può penetrare, come non si può analizzare una poesia semplicemente dalla veste tipografica. Ogni singolo organismo non potrebbe organizzarsi se non fosse già organizzato e causa di sé; ogni singolo produce all’infinito il suo genere, tutto è articolato nei limiti di una struttura organicista. Schelling rompe l’incanto freddo di una Natura - Macchina, di una Natura come meccanismo in moto, prevalente dal secolo di Cartesio, e la trasfigura in quella di un misterioso e suggestivo mondo di vita nascosta, di forze celesti irrompenti, di aneliti e di vibrazioni attraverso i quali si libera lentamente la coscienza, lo Spirito.
