Shinichi Kudo es un estudiante de instituto con una mente realmente brillante, que utiliza para desarrollar su principal hobby: la resolución de los más diversos crímenes, por lo que siempre ayuda a la policía en los casos difíciles, y siempre con éxito.
Y es que Kudo es un joven increíblemente brillante que es capaz de fijarse en las más pequeñas nimiedades, que luego resultan ser la clave del misterio en cuestión.
La historia empieza cuando Kudo se topa con una banda de misteriosos hombres vestidos de negro, que lo capturan, aprovechando un pequeño despiste de nuestro protagonista. Estos misteriosos hombres, para quitarse a Kudo de encima, le hacen beber a la fuerza una poción experimental que... ¡transforma a Kudo en un niño!
A partir de entonces, Kudo, totalmente desorientado por la extraña situación de tener el cuerpo de un niño y la mente de un adulto, decide tomar el nombre de Conan Edogawa (para más información del surgimiento de el nombre Conan Edogawa en el anime, podés ir a la sección "Influencias en el anime") y, haciéndose pasar por un pariente de Kudo, va a vivir a casa de su amiga de la infancia Ran. La razón de que no diga a nadie que en realidad es Shinichi Kudo es porque los misteriosos hombres de negro, si se enteraran de que sigue vivo, le perseguirían y le matarían.
El padre de Ran, Kogoro Mouri, es un detective., en realidad de lo más patoso y cabezón. Conan, a partir de ese momento, siempre fingiendo que es un niño (va a la escuela, y tiene amigos niños, y en general se comporta como un niño), resolverá los casos más variados de asesinatos, robos, estafas, etc. Y siempre hará que el mérito se lo lleve el torpe Mouri. Con la ayuda del profesor Agase, un inventor algo anciano y amable, Conan cuenta con una serie de inventos que le permiten salir sano de las más variadas situaciones de peligro pese a contar con la desventaja de tener un cuerpo de niño: el reloj que dispara flechas anestesiantes y que hace las veces de walkie talkie, las zapatillas que permiten patear objetos con una fuerza que ya le gustaría a cualquier jugador de fútbol, etc.
Sin embargo, el objetivo final de Conan es desvelar quiénes son los que lo convirtieron en niño y conseguir el antídoto que le devuelva su cuerpo de adulto. ¿Conseguirá Conan su objetivo final?
