Daizou Kurokawa, director del hospital Kurokawa, es encontrado asesinado ante su propia computadora, en cuya pantalla se puede leer la palabra JUN. Según Kogoro, esta palabra inculpa a su esposa, pero Conan que no es así. Dipara un dardo tranquilizante a Kogoro, tras lo cual imita su voz mediante su moño. De esta forma explica que el fallecido había tecleado Minami en la pantalla, y al morir había presionado el traductor al inglés por accidente. Minami es el nombre de la mucama, que pretendía vengar la muerte de su esposo, ocurrida en el hospital de Kurokawa, del cual acusaba de su empleador.
Más tarde, en casa del profesor Agase, Conan encuentra una carta dirigida a Shinichi Kudo, su personalidad real. Se trata de una invitación a una fiesta organizada por Teiji Moriya, un famoso arquitecto. Como él no puede asistir, llama por teléfono a Ran, cambiando su voz original, pidiéndole que asista en su lugar. Ran accede, no sin antes arrancarle a Shinichi la promesa de asistir a una cita con ella, sin saber que el joven detective se encuentra atrapado en su personalidad de Conan.
Entretanto, el inspector Megure presenta a Conan al detective Shiratori, el cual había escuchado acerca de las habilidades del chico.
En la mansión de Moriya, Conan y Ran son invitados a conocer su galería de arte privada. Conan nota que todos los cuadros son simétricos. Al día siguiente, Ran sale de compras para conseguir un buen regalo para Shinichi, ya que se acerca su cumpleaños, y ella mantiene la esperanza de volverlo a ver. Mientras tanto, Conan y el profesor Agase ven por la televisión que varias bombas químicas han sido robadas de una planta donde se hallaban guardadas.
Poco después reciben una llamada dirigida a Shinichi, en la cual un hombre misterioso le advierte que han colocado una bomba en el parque.
Conan sale presuroso hacia el parque, donde encuentra a sus compañeros de la Liga infantil de detectives jugando con un aeroplano a control remoto, que un desconocido les obsequiara. El joven deduce que la bomba está escondida en el avión, y consigue hacerla explotar sin que haya víctimas. A continuación recibe en su celular una nueva llamada, avisándole de otra bomba colocada en la estación de trenes. Tras una frenética corrida, Conan consigue hacer explotar la bomba son consecuencias, pero la explosión lo deja inconsciente.
Despierta en el hospital, donde el inspector Megure y el detective Shiratori coinciden en afirmar que el terrorista intenta desafiar a Shinichi en persona, al darle pistas sobre la localización de las bombas.
El criminal llama nuevamente al celular de Conan, pero es Kogoro quien atiende. De esta manera se entera que han sido colocadas varias bombas más en la cuidad, algunas de las cuales ya incendiaron edificios diseñados por Teiji Moriya, para desafiar la habilidad del joven para descubrirlas a tiempo. La primera bomba se encuentra a bordo de un tren, en el cual se encuentran los compañeros del chico, preparada para explotar si este baja su velocidad.
Conan debe presenciar los eventos en el hospital, mientras que sus intentan descubrir la localización de la bomba. Entonces Conan descubre dónde se halla dicha bomba, tras lo cual llama a Megure, cambiando su voz orogianl como Shinichi mediante su moño. De esta forma se evita la explosión del tren.
El grupo de detectives, es compañía de Conan, se desplaza a la mansión de Moriya.
Allí Conan deduce la identidad del criminal que ha estado colocando las bombas, pero aún no tiene pruebas.
Recurriendo a su voz como Shinichi, llama por el celular a Megure, pidiéndole que reúnan a todos en l galería, donde desenmascará al culpable.
Conan deberá desenmascararlo y evitar que estalle la última bomba, colocada en el edificio donde Ran espera a Shinichi para su cita prometida.
