Profesores: Mirko Zimic (página
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Vanessa Adaui
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Guía de práctica
El estudio de la estructura 3D de las biomoléculas
se realiza principalmente por métodos físicos.
El método más informativo es el de la cristalografía
de rayos X. Si un compuesto
puede ser cristalizado, la difracción de los rayos X por el cristal puede
usarse para determinar las posiciones relativas de cada uno de los átomos de la
molécula con gran precisión. Mediante este método se han deducido las
estructuras de la mayor parte de las biomoléculas pequeñas (aquellas que
poseen menos de aproximadamente 50 átomos) y de muchas biomoléculas mayores
como las proteínas.
Las técnicas de resonancia magnética nuclear (RMN) son complementarias a la
cristalografía de rayos X al proporcionar información acerca de la estructura
3D de biomoléculas en disolución, pero está limitado a moléculas no mayores
que 30 kD.
Ciertas estructuras han sido obtenidas por modelaje
teórico, un método no tan exacto como los métodos experimentales
descritos. Un tipo de modelaje, llamado “modelaje por homología”, involucra
la superposición de una secuencia conocida a una estructura 3D determinada
experimentalmente de una molécula similar en secuencia.
Los resultados de este tipo de modelaje tienden a ser más confiables que
aquellos derivados puramente a partir del conocimiento teórico.
El conocimiento de la estructura 3D detallada
de una biomolécula es útil porque suele arrojar indicios sobre los mecanismos
de las reacciones en las que la molécula participa.
Los datos sobre las estructuras 3D de macromoléculas
proteicas se encuentran disponibles en la base de datos de proteínas (Protein
Data Bank): http://www.rcsb.org/pdb/ como archivos *.pdb.
Para la visualización de las proteínas en su
estructura 3D se utilizará el programa RasMol
(Versión para Windows: RasWin). Este programa permite mostrar las
dos representaciones básicas de cada molécula: 1) un modelo espacial lleno y
2) una representación de cintas. En
esta última, se podrá apreciar las estructuras b
representadas por flechas planas y las hélices a
por cintas helicoidales; los giros o vueltas b
se observarán como cintas que unen las diferentes estructuras secundarias entre
sí.
Revistas de interés:
Journal of Molecular Modeling Full text journal online
Journal of Structural Biology Full text journal online
Journal of Theoretical Biology Full text journal online
Software
RASMOL
(Visualizador de estructuras moleculares 3D)
Swiss PDb Viewer
(Visualizador de estructuras moleculares 3D avanzado).
Pedro´s
Biomolecular Research Tools (Galeria de programas utilitarios)
Información complementaria