Para ser mas facil su estudio al preclasico se los divide en etapas,que son las misma en todos los paises mesoamericanos, pero que varia su fecha, en El Salvador esas etapas (con sus respectivas fechas) son:
Preclásico Temprano:1,500 a.C - 900 a.C
Preclásico Medio:900 a.C - 500 a.C
Preclásico Tardio:500 a.C - 200 a.C
Protoclásico:200 a.c - 250 d.c
Preclásico Temprano
Durante este periodo se empieza a usar la ceramica policroma.
El periodo preclasico inicia cuendo llegan nuevos grupos poblacionales a El salvador, estos grupos erán: los mayas y los lencas.
Cada poblacion (aldeas, pueblos, etc) empiezan a edificar su centro civico ceremonial que al principios son solo pequeños monticulos pero luego se convierten en piramides y estructuras, cada poblacion comercia con otras pero algunas poblaciones crecen e influyen a otras teniendolas subordinadas o aliadas y convirtiendose su centro civico ceremonial en un lugar central, grande a comparacion a la de sus poblaciones subordinadas y siendo la poblacion dominante en esta area.
En el 1,200 antes de cristo, chalchuapa (en los margenes de la laguna Cuzcachapa y el rio El Trapiche) empieza a ser poblada iniciando asi la fase o cultura Tok, que tiene relacion con la ceramica en la costa pacifica de Guatemala en la Fase Cuadros;
al mismo tiempo en que se empezaba la construcción de la ciudad olmeca de San Lorenzo, ciudad con la que se tenia contacto comercial e influencia directa.
Preclásico Medio
Desde el 900 antes de cristo El Salvador empieza a tener una fuerte influencia Olmeca, esta influencia se ve claramente en las monumentos llamadas "gordinflones" encontrados en Santa Leticia y en las ceramicas, esculturas encontadas en Las Victorias(Chalchuapa) y en la piramide principal del sitio arqueologico El Trapiche la cual se parece arquitectonicamente con la piramide principal de la ciudad olmeca de La Venta.
En el 900 antes de cristo llega la cultura cotzumalhuapa a el salvador estos solo ocupan una pequeñisima parte de el salvador siendo en el departamento de ahuachapan su cede principal la ciudad precolombina de Cara Sucia.
Durante el 900 antes de Cristo termina la Fase Tok y empieza la Fase Colos en Chalchuapa, teniendo relacion con la Fase Xe en las tierras Bajas mayas; es el periodo de maximo explendor del sitio arqueologico El Trapiche.
En el 650 antes de cristo,termina la Fase Colos y empieza la Fase Kal,que presenta una fuerta relacion con la Fase Mamon en las tierras bajas mayas.
Aparecen evidencias de una participación muy temprana en los sistemas de escritura jeroglÃfica, que se van a desarrollar en el área maya en el perÃodo clásico. Este hallazgo consiste en un fragmento de estela que se encontró en El Trapiche, de la que solamente se ha podido identificar un jeroglÃfico bastante erosionado, conocido como uinal y corresponde a un perÃodo de 18 dÃas (un mes) del calendario maya.
Preclásico Tardío
En el 400 antes de cristo La Venta es abandonada y en lugar de ella la ciudad de Tres Zapotes se convierte en el nuevo centro olmeca, decae la civilizacion olmeca.
Durante esta etapa se vive una diversificación cultural y asimilación de los elementos olmecas en los sistemas culturales de cada pueblo
En el 500 antes de cristo empieza ser construida Quelepa;inicia la Fase Uapala en Quelepa, que tiene relacion con las Fases Chal y Caynac de Chalchuapa y con las Fases Providencia, Miraflores y Arenal de Kaminaljuyu.
En el 400 antes de cristo empieza a hacerse la ceramica negativo usulutan o batik usulutan en chalchuapa;termina la Fase Kal y empieza la Fase Chul, teniendo relacion con la Fase Providencia de Kaminaljuyu.
En el 400 antes de cristo inicia la construccion del sitio arqueologico Casa Blanca, formado por seis estructuras que seria ocupado hasta el clasico tardio y durante el posclasico temprano una pequeña ocupacion.
Preclásico Terminal o Protoclásico
En el 200 antes de cristo, llega a su fin la civilizacion olmeca. Empieza el desarrollo cultural propio de los mayas.
En el 250 antes de cristo,termina la Fase Chul y empieza la Fase Caynac en chalchuapa,teniendo relacion con las Fases Miraflores, Arenal y santa Clara de Kaminaljuyu
En el 100 despues de cristo inicia la contruccion de Tazumal como una plataforma ceremonial.
En el 150 despues de cristo, inicia la Fase Shila en Quelepa, teniendo relacion con la ceramica en Chalchuapa y en las tieras bajas mayas de Guatemala.
En el 250 despues de cristo hace erupcion el volcan lago de Ilopango,destruyendo y quemando la mayoria de sitios del preclasico e iniciando el periodo clásico.