Don Juan de Goyeneche se destacó desde joven como historiador y como contable. Carlos II le designó su tesorero privado y, posteriormente, pasó a ser Tesorero General de las Milicias. Por designio del propio Carlos II, fue nombrado tesorero de Doña Mariana de Neoburg, segunda mujer del monarca, manteniendo el cargo con Doña María Luisa de Saboya e Isabel de Farnesio, primera y segunda esposa, respectivamente de Felipe V.

En 1685 publicó la "Executoria de la Nobleza, Antigüedad, y Blasones del Valle de Baztan que dedica a sus hijos, y originarios Juan de Goyeneche", con prólogo suyo. En 1697 adquirió el privilegio de la "Gazeta" y creó el primer periódico español con la concepción actual que tenemos de los mismos: "La Gaceta de Madrid".

Fue armador y proveedor de la Real Marina, habiendo hecho una contribución importantísima en navíos para la defensa de Cádiz, cuando ésta fue atacada por los ingleses el 30 de setiembre de 1702. Su más conocida obra fue, sin duda, la fundación de Nuevo Baztán, poblado que se levantó "a nueve leguas de Madrid" entre 1709 y 1713, bajo la dirección de Don José de Churriguera. También fue propietario de diversas industrias, favorecidas, sin duda, por los privilegios monopólicos con que lo recompensaron los diversos monarcas a los cuales sirvió. Don Juan de Goyeneche, señor de Nuevo Baztán, en donde tenía su palacio, de Belzunce y de la villa de la Olmeda, testó en 1733, dando prueba de una increíble fortuna y posición que se proyectó a sus hijos y nietos.

 Don Juan Tomás de Goyeneche, sobrino del anterior y dueño de "Goyenechea", obtuvo en 1721 que su casa fuera elevada a la categoría de Palacio de Cabo de Armería, con derecho a ser llamado a las Cortes Generales del Reino de Navarra en el brazo militar.

 El palacio "Goyeneche" no existe más hoy en día. La piedra armera de la fotografía se encuentra al frente de "Lamiarrita", palacio de Arizkun que fuera construido por el ya mencionado Juan Tomás de Goyeneche.

Estas armas de alianza son las mismas que lucía el palacio "Goyeneche" a comienzos del siglo XVIII. De acuerdo a la información que en 1728 levantara Don Francisco Miguel de Goyeneche para ingresar a la Orden de Santiago, los cuarteles con las flores de lis y los lobos correspondían a las armas originales de "Goyenechea", mientras que aquellos que llevaban las flores de lis con las media lunas se incluían por su entronque con el palacio "Echenique" de Erratzu.