Merellä kulkevan laivan saattaa tunnistaa jo kaukaa perässä liehuvasta kansallislipusta. Ne eivät tosin paljoa muistuttaneet 2000-luvun tuttuja ja selkeitä lippuja, vaan niitä koristivat usein koreat vaakunakuvat ja mielikuvitukselliset kuviot. Värikkäitä ja suuria (10x3 m kokoisia) signaalilippuja ja –viirejä käytetään myös laivojen väliseen viestintään – hyvällä säällä ne näkyvät jopa kymmenen kilometrin päähän! Laivastoilla on omat koodiavaimensa, jotteivät vihollislaivat pystyisi tulkitsemaan lähetettyjä viestejä. Öisin viestintä hoidetaan lyhtyjen avulla. Toki niin merirosvot kuin rehellisemmätkin kulkijat hämäävät tarpeen tullen vihollisiaan väärillä lipuilla – taistelut käydään kuitenkin aina lopulta kunniakkaasti oman lipun alla. Lipun laskeminen on antautumisen merkki. Komeimmillaan laiva kuin laiva on varmasti silloin, kun se kaikki mahdolliset liput mastoihin hilattuina tervehtii juhlaliputuksessa kunnioitettavaa vierasta.
Myös merirosvoilla on omat lippunsa – monen kapteenin oma kauhua herättävä lippu on kuin irvikuva merivaltojen vaakunalipuista – niiden kuvista löytyy niin verta tihkuvia sydämiä kuin sapelia kannattelevia käsiäkin. Vuosisadan alussa nähtiin ensimmäiset mustavalkoiset pääkalloliput liehumassa merirosvolaivojen lipputangoissa, ja Jolly Rogerista on nopeasti tullut varsinainen muoti-ilmiö. Pelätyin merirosvojen käyttämä lippu on kuitenkin yhäti kauttaaltaan punainen ”verilippu”, joka viestittää, ettei tulevassa taistelussa pyydetä tai anneta armoa, vaan hävinneen laivan miehistö tapetaan viimeiseen mieheen.