Cuenta con una topografía accidentada, la mayor parte de su superficie la forman terrenos de tipo montañoso, 55%; zona de lomerío 30%, y un 15%
de valle.El principal río que cruza el municipio es el río Tula, llamado en este punto río Tepeji. La autopista México-Querétaro le otorga una comunicación privilegiada hacia la capital y los estados
del norte.
El clima es templado con verano cálido, temperatura media anual de 16' a 45' aunque en los últimos años se han notado bruscas variaciones.
Debido a su ubicación geográfica,
Tepeji fue paso obligado en la ruta que comunicaba la capital, en la época de la colonia, con la parte norte del país. De tal suerte que los insurgentes comandados por Hidalgo y Morelos pasaron por la entonces
pequeña población.
Durante la Reforma en la hacienda de Caltengo, próxima a la cabecera municipal, el 3 de junio de 1861 fue fusilado Melchor Ocampo quien había sido colaborador del presidente Benito
Juárez y fue uno de los legisladores que redactaron las Leyes de Reforma.
La ubicación estratégica de Tepeji hizo también que los emperadores destronados, Maximiliano y Carlota, cruzaran por aquí en la
ruta hacia Querétaro.
