Durante a aventura, Link adquiri diversas habilidades especiais. Algumas delas são dadas de presente pelas Grandes Fadas, que estão escondidas em seis fontes secretas chamadas Great Fairy's Fountain. Para invocá-las é necessário tocar a Zelda's Lullaby em cima do símbolo sagrado da Triforce. Elas também restauram toda a energia e a barra mágica de Link. Adote como LC - Link criança e LA - Link adulto:

1. Medidor de magia e golpe giratório com a espada
No topo da Death Mountain, do lado entrada que leva à Death Mountain Crater. LC
2. Fire's Din
Exploda a pedra na trilha que leva ao castelo de Hyrule, logo depois do portão. LC
3. Farore's Wind
Na parte de trás da Zora's Fountain, explodindo a parede onde tem as pedras. LC
4. Medidor de magia duplicado
Use o martelo para quebrar as pedras na frente da porta, dentro da Death Mountain Crater. LA
5. Nayru's Love
No Desert Colossus, na parede rachada entre os dois coqueiros. LA
6. Energia vital duplicada
Perto do castelo de Gannondorf. Desloque a pedra gigante com as Golden Gauntlets. LA