Als je uit de grot bent kom je in een soort van toren terecht en daar staat een man die allemaal maskers op zijn rug heeft. Hij vraagt je of je hem een special masker terug kan geven, dit masker is gestolen door de "Stalkid" en heeft vele slechte magie in zich. Je hebt voor deze missie 72 uur. Dit komt neer op ongeveer een half uur speel tijd. Als je door de deuren van de toren loopt kom je in clock town. Dit is een rustig dorpje dat zich voorberijdt op een carnaval. Als je wat rondt loopt en met wat mensen praat, merk je al snel dat de maan erg dicht bij staat. En na een paar dagen zal die op de toren vallen. Dit is het werk van de "Stalkid" en van majora's mask. Je moet al snel wat opdrachten vervullen voor de mensen in clock town, zoals lid worden van de bomber boy's, de grote fee der wijsheid helpen om een gedeelte van haar lichaam te vinden, ze is door de "Stalkid" in vele kleine stukjes getoverd. Als je al die opdrachten hebt vervuld kun je op de laatste dag de "Stalkid" gaan bezoeken in de toren. Als je daar bent zie je dat hij de ocarina vast heeft en het is de bedoeling dat je die van hem terug pakt. Als je dit hebt gedaan, zie je een flash back van zelda die je de song of time leert. Als je die hebt gespeelt kun je terug in de tijd en naar de eerste dag terug gaan. Dit heeft tot gevolg dat jij alleen weet dat je terug in de tijd bent gegaan en niemand anders, dus de opdrachten die je al had vervuld, heb je dan niet vervuld. Dit maakt niet zoveel uit want de dingen die je hebt gekregen heb je nog steeds steeds. Je ziet dus nu een filmpje van wat er de eerste dag is gebeurt en je komt dus weer bij de man met al die maskers op zijn rug. Hij denkt dat je het masker al hebt afgepakt een leert je de song of healing (hiermee kan je maskers verkrijgen in het verdere spel) en het masker van de deku nut valt van je af en je bent weer gewoon link, je kan nog wel altijd deku link worden door het masker weer op te doen. Nu je weer normaal bent kun je door de poort van clock town en het spel pas echt ontdekken. Je moet bijvoorbeeld naar de 4 uithoeken van het land om daar de dungeons uit te spellen.
Wat echt goed aan dit spel is, is dat het er grafisch erg mooi uitziet dit komt ook omdat je er een expansion pak voor nodig hebt. Een ander plus punt is de speelbaarheid, er zijn maar 5 actietoetsen en je hoeft niet te springen (net zo als in het eerste deel). Het grootse nadeel vind ik is dat het op tijd berust is. Je kan de tijd wel langzamer laten gaan maar als je met iemand wilt praten moet je precies op de juiste dag en op de juiste tijd zijn. Dit is zo'n voorbeeld: je moet van de beheerder van een herberg om haftwaalf met haar in de keuken praten. Ze zegt dan dat ze een brief van haar verloofde heeft gekregen en of jij dan een brief terug wilt sturen. Dit doe je een je volgt de postbode naar het huis van haar verloofde hij krijgt de brief en van hem krijg je weer een hanger die je weer terug moet geven aan de beheerder van de herberg. Als je dit hebt gedaan (je bent nu al 60 uur verder) moet je helpen om een masker terug te pakken wat gestolen was, en als je dat hebt gedaan moet je weer aar de herberg gaan en dan krijg je een masker. Dit duurt in totaal 72 uur. Een ander nadeel is dat je weinig hartjes kunt krijgen door de dungeons uit te spelen, er zijn maar 4 dungeons dus krijg je daar ook maar 4 hele hartjes voor de rest (dat zijn er 52 kwart hartjes) moet je vinden door kleine spelletjes uit te spellen.