Luego de encontrar a Lois, Superman sufrió un colapso y fue llevado a un laboratorio donde los mejores científicos, entre ellos Ray almer -- Atom, intentan encontrar una cura a su enfermedad. John Henry contacta al equipo Superman y juntos se preparan para viajar al interior del Hombre de Acero gracias a la ayuda de Atom, que encoge a los héroes y los envia dentro de una nave, Steel, Superboy y Supergirl. Pronto, la nave es atacada por los anticuerpos del kryptoniano y destruida, pero para Atom, eso parece sabotaje.
Mientras, Lois es sorprendida por la aparición de La Encantadora, quien se encuentra huyendo de Deathstroke - el exterminador. Para escapar, los tres se teletransportan lejos.
En el laboratorio, la ayuda a Superman se complica conforme rayor de energia brotan constantemente fuera de sus ojos sin control. Dentro de Superman, Supergirl viaja a su cerebro y con su energia espiritual intenta restablecerlo a la normalidad, pero es demasiado para ella. Mientras, Superboy y Steel son atacados por tumores verdes y para sorpresa de Superboy, Steel intenta matarlo! Afuera, John Henry Irons escapa de su prisión y revela al Atom que un impostor tomó su lugar en el equipo. Inmediatamente, usando un equipo experimental, el verdadero Steel es encogido y enviado dentro de Superman.
Lois, La Encantadora y Deathstroke aparecen en el laboratorio, donde el asesino es detenido por Atom. Alli, la Encantadora revela que ella fue contratada para poner dentro de Superman un nanobot con una carga de kryptonita (cuando lo beso en su primer encuentro). Dentro, Steel derrota al impostor, quien revela ser el Prankster antes de escapar. [el Bromista ha cambiado de apariencia y emplea ahora la tecnología de la nueva Metrópolis en su provecho. Ahora ha robado la armadura de Steel]
Superman sufre un ataque cardíaco y Steel viaja al corazón donde planta bombas en el intentando reactivarlo. Supergirl toma los tumores verdes y junto con ellos se teletransporta fuera de Superman. Mientras, Superboy usa un láser que le diera John Henry para perseguir al nanobot [Superboy perdió sus poderes y por ello necesita ayuda de un arma].
Afuera, Deathstroke ha herido a Lois de muerte.
Steel tiene éxito y junto con Superboy, escapan a través de un rayo de energía que sale de los ojos de Superman. El rayo de energía golpea a Deathstroke, quien escapa. La Encantadora y Supergirl salvan la vida de Lois y así juntos, celebran el regreso del héroe. Jimmy hace el honor de tomar la fotografía para la siguiente edición del Daily Planet.
