Los compendios de mensaje se generan pasándolo a través de una función criptográfica unidireccional (aquella que no puede invertirse). Cuando el compendio de un mensaje se cifra utilizando la clave privada del remitente y se anexa al mensaje original, el resultado se conoce como firma digital del mensaje. El algoritmo utilizado por SET genera compendios de 160 bits. La probabilidad de que dos mensajes tengan el mismo compendio es de 1 entre 1.048.
SET introduce un nivel superior de seguridad mediante el empleo de las denominadas firmas dobles. Una firma de este tipo se genera creando un compendio de ambos mensajes, encadenándolos entre sí, computando el compendio del resultado y cifrando este compendio con la clave privada de la firma original. El firmante debe incluir el compendio del otro mensaje que el destinatario sea capaz de verificar la firma doble.
El receptor de uno u otro mensaje puede comprobar su autenticidad generando el compendio en su copia del mensaje, encadenándolo con el compendio del otro mensaje (suministrado por el remitente) y computando el compendio del resultado. Si el compendio recién generado se corresponde con la firma doble descifrada, el destinatario puede confiar en la autenticidad del mensaje.
Para incrementar aún más la seguridad de estos procedimientos, SET utiliza la Certificate Authority (CA).