La Prelatura de El Salto fue evangelizada desde los inicios de la Colonia. Las primeras expediciones provenientes de la recién fundada Villa del Guadiana, después Ciudad de Durango (Cédula Real de Felipe IV de España del 1 de Abril de 1631) llegaron hasta la Sierra de Topia y datan de 1527. Fray Diego de la Cadena fue el primer franciscano que estableció un convento en la Villa del Guadiana desde donde se irradiaban hacia la Sierra y los territorios Tepehuanos. Con el tiempo fue necesaria más ayuda y los Jesuitas, Dominicos y Agustinos apoyaron el trabajo misionero de fundar ciudades en los "minerales" o yacimientos de metales preciosos y evangelizar a los indígenas.

Los habitantes de estas tierras se agrupaban en tres grandes grupos: Acaxees, Xiximíes y Tepehuanos. Cuenta el Padre Gonzalo Tapia: " Es gente mediana de cuerpo, bien agestada... tan blancos que parecen mestizos. Son muy ágiles, alegres y risueños... no son huraños, ni esquivos, ni melancólicos, sino liberales, largos y atrevidos... con muchos adornos en las narices, orejas, cintura y piernas. Son de muy buen entendimiento y memoria. Algunos aprenden las oraciones en un día." (Manual de Historia de Durango, de Pastor Rouaix)

Los Acaxees vivían en las laderas de los montes. Se pintaban la cara con colores vivos, de ahí deducían los españoles los minerales que existían en la región. Practicaban el canibalismo como elemento religioso y como signo de triunfo sobre sus enemigos. Su principal diosa era un idolillo cabeza de mujer llamado Topia.

La región que habitaban estaba limitada al Oeste por los afluentes del Río Culiacán, al Sur por el Río San Lorenzo y al Este por los territorios Tepehuanos.

Los Xiximíes vivían al sur de los Acaxees y habitaban las partes más altas de la sierra. Eran antropófagos y devoraban con júbilo a sus enemigos los Acaxees. Al llegar los españoles trataron de dominarlos con la ayuda de los Acaxees, la lucha fue larga y difícil debido al terreno accidentado.

Los Tepehuanos vivían al este de los Acaxees y al noreste de los Xiximíes. Recibieron a los Españoles con tranquilidad, negociaron con ellos y aceptaron o aparentaron aceptar la religión católica; pero la explotación abusiva de sus minas y las exigencias de trabajo que les impusieron los españoles los exasperaron, y provocaron en 1616 una sublevación general tepehuana por la que se arruinó materialmente el territorio de la Nueva Vizcaya, murieron 8 Jesuitas y se paralizó la actividad económica en la región.

En 1601 los Acaxees se levantaron en armas contra el invasor. 5000 indígenas juraron: "no descansar hasta derramar la última gota de sangre española"; y no fue sino hasta 1604 cuando el Padre Santarén junto con el Gobernador lograron la pacificación de los sublevados. Después de estos acontecimientos se establecieron sólidamente las misiones de Topia y San Andrés. En 1612 el Padre Santarén establece la cabecera de la Misión Xiximie en Santa María de Otáez y desde ese año hasta 1614 logra la conversión de la nación Xiximíe. Posterior a la sublevación tepehuana, que terminó en 1623 se reiniciaron las misiones que profundizan la fe en el corazón del pueblo. Ya entonces se quejaban los misioneros de la falta de personal y las limitaciones de recursos para realizar su labor.

En 1767, un acontecimiento cimbró las labores de evangelización de estas tierras, por órdenes del Rey de España, la Compañía de Jesús quedaba expulsada de los territorios españoles por lo que el número de misioneros decayó. Esta situación se vio agravada por la guerra de Independencia por lo que la región quedó en el abandono y en la valía de los esfuerzos individuales de misioneros provenientes de Durango y Culiacán.

En 1978 un análisis pastoral reconocía en la Prelatura una población apenas iniciada en su fe cristiana, tal, o quizás menos, que en tiempo de la Colonia. Y sin embargo sus rústicas capillas son signos vivos que manifiestan la fe ancestral, posiblemente muy honda.
 

1965 Se toma la responsabilidad de las Parroquias de Topia, Canelas, Otáez y San Juan de Camarones, entre los primeros misioneros venía un joven con grandes ambiciones de trabajar por su Dios, el Hermano Carmelo, hoy conocido como Padre José Anaya.

1966, 9 de junio : Mons. Francisco Medina Ramírez inicia su labor pastoral en la Sierra como Vicario episcopal.

1968, 10 de Junio, Decreto de erección de la Prelatura.

1968, 4 Agosto Mons. Medina es nombrado Administrador apostólico por Mons. Guido de Mestri, Delegado del Papa Pablo VI.

1973, 8 de Diciembre, es nombrado Obispo de la Prelatura Monseñor Francisco Medina Ramírez.

El 29 de Agosto de 1973, Mons. Medina funda, junto con las Madres Margarita Guerrero Ruiz y Luz del Carmen Sánchez Romero, la Congregación de las Misioneras del Espíritu Santo. Su misión es la evangelización : Catequesis y misiones. Su lema : Espíritu y vida. 

1982 Desde este año jóvenes bachilleres y universitarios provenientes de varias instituciones Lasallistas aportan su esfuerzo al trabajo de la evangelización durante las misiones de Semana Santa, verano y navidad, de aquí en adelante lo harán cada año. 

1983 : Creación del Seminario Menor. 

Otros logros obtenidos por Mons. Francisco Medina (1968-1987) :

Formación de 15 sacerdotes.

Presencia de religiosas de vida activa y de clausura.

Plan del CCYAS

Erección de las Parroquias de la Prelatura.

Ayuda económica recibida de la Orden del Carmen.

Apoyo generoso por parte de Adveniat.

Presencia activa de Sacerdotes Carmelitas.

Se mandan Seminaristas a la U.P.M.

Construcción de la Catedral y de la Ermita.

Presencia de grupos misioneros carmelitas y lasallistas.

Múltiples movimientos parroquiales. 

El 16 de Julio de 1988, Mons. Manuel Mireles Vaquera, inicia su servicio como Obispo Coadjutor de la Prelatura. Y al fallecer Mons. Medina, el 13 de Octubre de 1988, al regresar de su visita ad límina, Mons. Mireles asume la plena responsabilidad de la Prelatura al tomar posesión como Obispo Prelado de la misma. 

1988, Enero, en Tamazula reunión de actualización del Plan de Pastoral de la Prelatura, presidida por Mons. Manuel Mireles Vaquera, recién nombrado Obispo de la Prelatura. La reunión fue coordinada por el P. Carlos Soto Ortega. 

1989, Junio, en El Salto, Reunión de pastoral coordinada por el P. Casiano, se revisa y elabora en mesas redondas un nuevo Proyecto. 

Elementos de este Proyecto :

Obra de Cristo, Iglesia, Ministerio de la Palabra, Catequesis, Ministerio litúrgico, Piedad popular, Ministerio de caridad, Los pobres, Jóvenes, Realidad, Tarea pastoral, Objetivo general del Proyecto, Comisiones y sus respectivos responsables:

1. Evangelización y Catequesis. P. Salvador Alvarez Correa. 
2. Pastoral Juvenil. P. Juan Pablo de la Torre Ledesma 
3. Pastoral familiar. P. José Anaya Rodríguez. 
4. Pastoral vocacional. P. Carlos Soto Ortega. 
5. Comisión de laicos. P. Gregorio Reyes Zazueta. 
6. Educación y cultura. P. Gregorio Reyes Zazueta. 
7. Misiones. P. Eduardo García Cedillo. 
8. Pastoral social. P. Alfonso Herrera A. 
9. Liturgia. P. Carlos Soto Ortega. 
10. Comunicaciones P. Faustino Moreno R. 

1992 : se inicia la preparación de la Gran Misión. Y la elaboración de los "Elementos históricos y aproximación a su realidad." Y en 1993, Gran Misión de la Prelatura.

1992 : 15 de Agosto, llegan a El Salto tres Hermanos de Las Escuelas Cristianas, para establecer la comunidad en el Centro Cultural y Social La Victoria, que promoverá la formación de agentes de pastoral.

1993 : el 13 de Agosto llegan las Religiosas del Verbo Encarnado y del Santísimo Sacramento, inician su fructífera labor educativa abriendo el Colegio Jeanne de Matel. 

1994: Un grupo de Jóvenes de El Salto realizan labor apostólica en el poblado de San Esteban asesorados por el H. Pedro Vela. Es el primer grupo juvenil Lasallista local que va a misiones.

1995 En Semana Santa son ya 1200 jóvenes misioneros lasallistas. El primer grupo misionero de las poblaciones de Tayoltita y de Llano Grande trabaja durante la Semana Santa en la localidad de Cebollas del municipio de San Dimas, Dgo. 

1995 Durante el mes de Julio se lleva a cabo la Gran Misión de El Salto, animada por los Padres Josefinos y con la participación de religiosas Evangelizadoras y jóvenes misioneros de varias partes del Norte de la República.

1995, 29 de Junio inicia el Proyecto del Voluntariado Lasallista, en el Centro Cultural y Social La Victoria. Los jóvenes, llegando de las diferentes ciudades del País y del extranjero, se comprometen durante un año al servicio de la Promoción humana y de la Evangelización de las personas de la Sierra. 

El 3 de Febrero de 1996 se establece en El Salto la comunidad de las Evangelizadoras Eucarísticas de los Pobres para colaborar en la Evangelización de la Prelatura, especialmente en Catedral y zona aledaña. 

1996 :16 a 18 de Octubre, I Asamblea de la Prelatura con miras al Plan de Pastoral, Asesor : el P. Salvador Sánchez, lugar : Centro Cultural y Social La Victoria.

1997 : La segunda Asamblea se celebra en dos etapas : Agosto 97 y Octubre 97, la primera en el Seminario y la segunda en el Centro Cultural y Social La Victoria.

1998 : La tercera Asamblea se celebra del 25 al 28 de Agosto en el Centro Cultural y Social La Victoria. 

Ordenaciones sacerdotales

1995 :21 de Septiembre, P. Pablo Salazar Rodríguez

1997 : 29 de Mayo, P Aristeo Salas Ruvalcaba.

1998 : 12 de Marzo, P. Pedro Fernández Domínguez