Sin embargo, hay algunas áreas donde la calidad del habitat y la densidad del conejo parecen suficientes, con todo no se encuentra ningún lince. Determinado en estas áreas, parece que los seres humanos son los responsables directos de un nivel apreciable de la mortalidad del lince (Delibes 1989). Esto es cierto incluso para la población que vive en el área donde recibe la maxima  protección, el complejo de Doñana. La mayoría de muertes registradas allí en un tiempo de 10 años, el ser humano ha sido relacionado, y solamente 8,3% de mortalidad ha sido relacionada inequívocamente a causas naturales  (Ferreras. 1992). Rodríguez y Delibes (1990) han recopilado datos de 1.215 linces muertos en España en los últimos 30 años. 
 
 

Los lazos y trampas para los conejos, han sido la principal causa de muerte para el lince, aunque parece que esta práctica de caza para los conejos está disminuyendo. Se supone que las muertes por atropello eran comparativamente poco importantes (o  raras) antes de 1978, pero aumentaron, cuando el estado emprendio un programa ambicioso de construcción de carreteras en los años 90 (ICONA 1992). 

Las pequeñas subpoblaciones, aisladas de lince ibérico son teóricamente vulnerables a la deriva genética, donde probablemente los alelos de baja frecuencia desaparecen del banco genetico de la población. Beltrán y Delibes (1993) encontraron la primera evidencia de esto en  Doñana, en donde la población del lince aproximadamente 40-50 se ha aislado desde principios de los años 60, antes  tres modelos de pelage estaban presentes la población , pero ahora ninguno de los linces actuales exhiben el modelo de pelage fino-manchado más raro. 

El gobierno español está en el proceso de desarrollar una estrategia nacional de conservación para el lince ibérico, con la meta de permitir al lince tener el mayor numero posible de ejemplares, para estabilizar la plblación. Las medidas serán aplicadas primero a los núcleos de población más grandes (el sierra del este Morena, las montañas de Toledo, los pasillos entre estas dos zonas, y ciertas partes de Extremadura). Las medidas incluyen la terminación de los estudios detallados de las condiciones de cada subpoblación del lince (utilización del suelo, propiedad de terreno, condición del habitat, densidad del conejo); prohibición de la caza del conejo; llevar medidas activas para que aumenten las poblaciones de conejo ; y el establecimiento de un programa de cria en cautividad (ahora en curso) (Rodríguez y Delibes 1990, ICONA 1992).