Johannes Jacobus Willebrordus (Joost) Zwagerman werd op 18 november 1963 in Alkmaar geboren. Hij groeide op in een ‘progressief katholiek’ milieu. Zijn ouders zijn beiden werkzaam in het onderwijs. Hij bezocht de Rijksscholengemeenschap Noord-Kennemerland in Alkmaar. Na de middelbare school volgde hij van 1981 tot en met 1984 de Pedagogische Academie, het eerste jaar in Bergen, het tweede en derde jaar in Alkmaar. Hij studeerde van 1984 tot en met 1988 Nederlandse taal- en letterkunde aan de Universiteit van Amsterdam. Deze studie brak hij voortijdig af.
Zwagerman debuteerde met de roman De houdgreep (1986). Hij publiceerde proza en poëzie in onder andere De Revisor, Tirade, Maatstaf en Optima. Hij schreef artikelen en interviews voor HP en De Volkskrant en is sinds 1985 medewerker van Vrij Nederland. Als redacteur was hij van 1988 tot 1990 (het jaar van opheffing) verbonden aan het literaire tijdschrift De Held.
Joost Zwagerman woont sinds 1984 in Amsterdam en is fulltime schrijver.