Vor der Kolonialisierung des Küstengebietes zwischen der Cananéia und der Lagoa dos Patos in Rio Grande do Sul war das Gebiet von den Carijó Indianern beherrscht. Die Existenz von Sambaquis auf den Inseln, Flußmïndungen und Buchten des Küstengebietes von Paraná zeugt noch heute davon. Sambaquis sind Anhäufungen von "Küchenabfällen" der Indianer, haupt- sächlich Muscheln, Fischreste etc. Sie können mehrere Meter hoch sein. Die Kolonialisierung des Staates Paraná begann Ende des 16. Jahrhunderts..

Es gibt 3 Versionen über den Ursprung des Namens "Ilha do Mel" (Honiginsel):

1.)Vor dem 1. Weltkrieg war die Insel als die Insel des Admiral Mehls bekannt. Seine Familie verbrachte ihren Urlaub dort und der Admiral widmete sich der Bienenzucht.

2.) Seeleute im Ruhestand lebten auf der Insel und betrieben eine intensive Imkerei. Die Produktion war so gross, daß bis in die 60er Jahre Honig exportiert wurde.

3.) Das Süßwasser auf der Insel enthält Huminsäuren, was ihm eine gelblich-braune Färbung verleiht, die an die Farbe von Honigwaben erinnert.

Offiziell hiess die Insel bis zum Ende des vergangenen Jahrhunderts "Ilha de Baleia" (Walinsel).

1776 begann der Bau des Forts "Fortaleza de Nossa Senhora dos Prazeres da Barra de Paranaguá", auch "Fortaleza da Barra" genannt. Der Bau wurde 1770 beendet. Aufgabe des Forts war es die Bucht von Paranaguá vor Angriffen von fremden Schiffen, die die Hafeneinfahrt von Paranaguá, einem der wichtigsten Häfen des Hafenamtes São Paulo, zu beschützen. Das Fort war die einzige militärische Einrichtung des 18. Jh. in Paraná. Ende des vergangenen Jahrhunderts ereignete sich ein bis heute nicht vergessener Vorfall. Ein englisches Schiff namens Cormoran drang während der Verfolgung von Sklavenschiffen in die Bucht von Paranaguá ein. Die Bevölkerung empörte sich gegen diesen Einfall und die Cormoran mußte fliehen. Als sie an der Ilha do Mel vorbeifuhr, kam es zum Schußwechsel, bei dem das Schiff angeschlagen wurde und ein Matrose starb. Die Flucht des Schiffes wurde allerdings nicht vehindert.

Während des 2. Weltkrieges wurde ein Verteidigunssystem in Form eines Labyrinthes auf dem Morro da Baleia (Walfischhügel), der sich überhalb des Forts befindet, errichtet. 1936 wurde das Fort zum historischen Denkmal erklärt. 1990 wurde mit seiner Restaurierung begonnen, die jetzt abgeschlossen ist.

Am Praia do Farol (Leuchtturmstrand) befindet sich der Leuchtturm, Farol das Conchas, erbaut auf dem gleichnamigen Hügel. Die Bestandteile des Leuchtturmes wurden aus England importiert. Die Einweihung ereignete sich am 25. März 1872. Der Turm selbst ist 18 m hoch und erreicht eine Höhe von 60 m über dem Meeresspiegel.

Am nördlichen Ende der Insel befindet sich der Turm "Mirante do Cassual", erbaut zwischen 1904 und 1917; er dient als Navegationshilfe für die Schiffe, die den nördlichen Kanal benutzen.

In den 20er Jahren erlebte die Ilha do Mel eine erste turistische Phase, sie war das erste Ausflugsziel des Bundesstaates Paraná. Es gab sogar schon ein Hotel. Zu jener Zeit fuhren die Boote von Paranaguá ab und legten in der Nähe des Forts an, wo es einen Steg gab und einen "Ausflugsbus", der auf der Insel verkehrte. 1926 wurde die Küstenstrasse auf dem Kontinent eröffnet, was eine Phase der Dekadenz des Turismus auf der Insel einleitete, die ihren Höhepunkt mit dem 2. Weltkrieg erreichte. Die Bevölkerung der Insel lebte weiterhin von ihrer typischen Aktivität, der (nicht industriellen) Fischerei. Bis vor kurzem (1988) gab es auf der Insel keinen Strom, kein Leitungswasser, regulären Transport und andere primäre Infrastrukturleistungen.

Während 2 Jahrhunderten wurde der Zustrom von Personen auf die Insel stark durch die Schwierigkeiten des Zuganges begrenzt. Erst Ende der 70er Jahre begann eine neue turistische Phase, die man als "ökoturistisch" bezeichnen könnte.