En el Clausura ’99, Boca, con un funcionamiento mucho mas aceitado y con mayor calidad, obtuvo el bicampeonato, perdiendo el invicto justamente el día que se coronó campeón, perdiendo ante independiente por 4-0. Ese día, Boca llegó a la cifra Récord en Argentina de 40 partidos invicto por torneos locales, desplazando la marca anterior del Racing Club de 1966 que había alcanzado los 39.   En este torneo, el equipo tuvo un mayor volumen de juego, pero también comenzó a sentir el rigor y sus lesionados aumentaron, algo que se sentiría en el torneo siguiente, donde Boca apuntó de lleno a la Copa Libertadores.