El Clausura 2000 fue dejado en segundo plano y se puso todo el interés en el torneo continental. Así Boca, clasificó primero en su grupo y en cuartos de Final enfrentaría a su clásico rival, River. El primer partido se jugóde visitante y River ganó por 2-1. 

Las cosas se oscurecían, y a la semana, se jugaría la revancha en la bombonera. En un partido signado por la necesidad de Boca y los recaudos de River, recién pasados los 15' del ST, Delgado abriría el marcador. A los 15’ entraría Palermo en lo que sería su vuelta al Fútbol después de 6 meses, justamente ante River. Un Penal de Riquelme y el gol de Palermo en tiempo suplementario marcarían la goleada por 3-0 con la cual dejaban a River fuera de la copa. Boca jugaría luego con el América de México, venciendo 4-1 de local y perdiendo por 3-1 de visitante, gracias a un cabezazo salvador de Walter Samuel a los 37 del ST.  

Llegaría así a la final con el último campeón, el Palmeiras de Brasil, y disputaría el segundo partido de visitante en el Morumbí. El empate 2-2 de Local, desalentó a muchos, excepto a casi 200 hinchas que fueron a San Pablo.  Allí, apoyados por hinchas de Corhintians y de San Pablo, se hicieron fuertes y visibles en la popular. Boca jugó un gran partido soportando al Palmeiras en todo el primer tiempo y llevando peligro al área rival. En el segundo, Palmeiras tuvo en 10 minutos un vendaval de ataques, que chocaron con la defensa Xeneize.

Luego de eso, Boca puso el partido en un freezer y lo llevó a los penales.   Allí las manos mágicas de Oscar Córdoba, atajaron dos penales y le entregaron el título de Campeón de América por 3° vez en su historia.