Ex-marino con un estricto sentido del deber, el Asistente del Director Walter Skinner tiene poca paciencia respecto de los métodos poco ortodoxos de Mulder en las investigaciones. 

Más de una vez les advirtió a Mulder y Scully que sus preguntas estaban pasando a terreno peligroso. El 21 de mayo de 1994 cerró los Expedientes Secretos X. Scully es destinada a la academia de Quántico y Mulder a casos rutinarios en Washington D.C. pero decidió volverlos a abrir bajo su propia responsabilidad.

Al comienzo de la serie Walter Skinner era el Director Asistente de una sección del FBI, como superior inmediato de Mulder y Scully, encargado de disciplinarlos cuando se insubordinaban. Él era el responsable de reclamar explicaciones acordes de una oficina seria.

Skinner parece estar atrapado entre dos agendas: 

A principios de 1994 Los Expedientes X pasan a depender del director asistente Walter S. Skinner. Al comienzo, CSM visita periódicamente su oficina, lo que lo implicaría como otro lacayo del Sindicato, pero sus esfuerzos a favor de Mulder y Scully a través de vías extraoficiales, muestra claramente su preocupación para con los agentes y su trabajo.

Por ayudar a los agentes, el sindicato, manda a Alex Krycek para asesinar a su ex esposa y así inculparlo. Pero queda libre de toda culpa (Avatar).

En la sexta temporada, es expuesto a nanotecnología, una técnica que implica a micro robots que reparan las células de nuestrocuerpo, estos nanites, mal manipulados, lo ponen al borde de la muerte, una vez más Krycek controlaba la nanotecnología que le causaban dolores en todo el cuerpo a través de una consola que tiene en su poder.

En réquiem, todos los personajes unen sus esfuerzos para tratar de encontrar a una nave extraterrestre recientemente estrellada en un bosque.

Skinner nunca estuvo totalmente convencido de las teorías sobre la existencia de vida extraterrestre que Mulder le proponía. Pero en Réquiem (7X22) se asombra al ver una luz que venía del cielo, y en ese momento Mulder es raptado en el bosque delante de sus ojos sin que pueda hacer algo para vitarlo. Esto de alguna manera lo acerca más a Scully, que le confiesa que está embarazada.

Hasta ese momento él era extremadamente escéptico con respecto al tema ovni, con el tiempo y al ver la convicción de Mulder para con el tema, se va convenciendo. Al ver como el ovni raptaba a su subordinado, hace que ese echo confirme todas sus dudas a finales de la 7ma temporada.