Der nicht Ernst genommene junge Wissenschaftler Milo hat es immer gewusst: Atlantis existiert. Nur glaubt ihm keiner, bis ein alter Freund seines Großvaters auftaucht. Der immens reiche Whitmore finanziert die U-Boot-Expedition, die mit einem Fiasko beginnt. Ein gigantischer robotischer Wächter kümmert sich darum, dass niemand durch den Unterwasser-Zugang nach Atlantis gelangt. Die Expedition wird dezimiert, erreicht ihr Ziel aber trotzdem. In der versunkenen Stadt angekommen, lernt Milo die Königstochter Kida und einige der Geheimnisse der Atlanter kennen. U-Boot-Kommandant Rourke hat allerdings seine eigenen Pläne, möchte er dem alten Volk doch dessen legendäre Energiequelle stehlen, um sie meistbietend verhökern zu können.
Unter der Regie von Gary Trousdale und Kirk Wise ist ein Zeichentrickfilm entstanden, der einen entscheidenden Fehler aufweist: Für Kinder, das eigentliche Zielpublikum, ist er nur sehr eingeschränkt geeignet. Viel zu viele Action-Elemente reihen sich fast pausenlos aneinander, vom Charme früher Disney-Produktionen ist wenig bis nichts geblieben. Die Logik bleibt zwischendurch auch noch auf der Strecke, wenn das winzige Beiboot plötzlich Platz für gleich mehrere Lkws geboten und zum Schluss auch noch ein Heißluftballon zum Inventar gehört haben soll. Technisch ist der Film, der digitale und handgezeichnete Szenen mischt, aber ohne Makel, empfiehlt sich allerdings letztlich eher einem erwachsenen Publikum.