Una buena parte del refugio esta constituído por bosques en las partes más quebradas y en los cañones de los ríos estos se mantienen casi intactos. Hacia el sur en las partes bajas del área, el bosque típico es el tropical seco, razón por la cual es factible observar varias especies. Hacia la sección media inferior los bosques son semicaducifolios. En la sección media superior el refugio está con una vegetación típica del bosque premontano. La fauna es escaza, aunque la avifauna si es abundante.
Islas Negritas se hallan ubicadas en ambos extremos del Golfo de Nicoya. Estan cubiertos por un bosque semideciduo con árboles como el Pochot, etc. También se encuentran especies como garrobos, mapaches, etc.
Guayabo es una impotente roca de unos 50 mts. de altura, y accesible con dificultad a una pequeña y única playa de Guijarros producto de un derrumbe. Esta formado por arbustos y plantas pequeñas y esta representado casi exclusivamente por aves.
La extensa playa constituye una de las dos más importantes áreas del mundo para el desove de la tortuga marina Lora. En toda la playa abundan dos especies de cangrejos anfibios y depredadores, típicas de playas arenosas.
En los escasos parches de bosque que existen en el refugio se puede observar varias especies de animales. En la desembocadura del río Nosara existe un manglar de considerable tamaño; en esta área y en sus alrededores se han identificado 102 especies de aves.
La escaza vegetación del refugio esta constituída por un bosque mixto formado por especies caducifolias.
Esta área es particularmente rica en aves zancudas y vadeadores y en anfibios y reptiles asociados con esos ambientes. La laguna esta toda cubierta de choreja o lirio de agua y de otras plantas acuáticas flotantes. Los bosques de galeria se encuentran en las margenes de los ríos, y son altos, densos y de poca diversidad. En especies, muchos de los árboles presentan gambas o contrafuertes. Los bosques primarios ocupan la mayor perte de la reserva. La fauna es bastante abundante a pesar del aislamiento de la reserva.
Localizada en el Golfo de Nicoya, contiene una gran variedad de flora y fauna, tanto terrestre como marina. Los habitats existentes son el bosque semicaducifolio, el bosque de ladera, el bosque caducifolio, el manglar y la vegetación de playa. En la playa y el bosque se pueden observar flora y fauna variada, se han clasificado 115 especies de aves.
Las tres playas del refugio son de gran belleza escenica y muy adecuadas para la natación y para el buceo a causa de su escazo oleaje, poca pendiente y claridad de las aguas. La playa Cucú que se localiza al fondo de una bahía de unos 40 mts., de ancho y de unos 900 mts. de largo.
Ubicado en Guanacaste, a solo 36 km. norte de Liberia y el sector Murciélago, ubicado al suroeste del pueblo Guajiniquil. Posee una extensión de 37 x 117.5 hectáreas.
Posee gran importancia histórica. La casona y los corrales de piedra fueron el escenario de la batalla de Santa Rosa. El parque es importante para la protección y restauración de los habitats de la región climática denominada Pacífico Seco.
Existen unos 10 habitats: sabanas, bosques deciduos, bosques de encinos, bosques siempreverdes, manglares, pantanos, etc.
La fauna es rica y diversa; se han observado 155 mamíferos, 253 aves, 100 anfíbios y reptiles y más de 10 000 insectos.
Ubicado en Guanacaste, entre el río Bebedero y el Tempisque; aprox. 30 km. oeste de Cañas.
Este parque está formado por un mosaico de diversos habitats inundables de llanura, delimitado por ríos y una fila de cerros. Sujeta a inundaciones por los desbordamientos de los ríos Tempisque y Bebedero.
FLORA: Palo Verde es uno de los lugares de mayor diversidad ecológica del país: existen más o menos 15 habitats que se crean por la topografía.
FAUNA: Existen 279 especies de aves, este número podría ascender a 300 por la cantidad de especies que se encuentran en lugares vecinos.
La isla Pájaros se encuentra en frente al refugio, es un gran criadero de aves. Existen mamíferos como los monos congos, venados, ardillas rojas, etc.
Localizado en Guanacaste, 22 km. al Noroeste de Nicoya.
Tiene una altura de 300 mts., posee una gran cantidad de cavernas, de las cuales se han explorado 19. Este cerro tiene unos 60 millones de años.
FLORA: Vegetación mayoritaria: caducifolia. Algunas de las especies más comunes son los árboles como el Ron Ron, el Gallinazo, etc.
FAUNA: Fauna medianamente variada: El mono carablanca, el venado, el pizote, etc. Existe una gran alteración de los habitats.
Ubicado a 15 km. S.E. de Bagaces, Guanacaste. Esta es un área rica en insectos, especialmente avispas y mariposas. Se estima que existen de unas 200-300 especies de abejas y unas 60 de mariposas nocturnas. Existen ríos permanentes en la reserva.
FLORA: Hay 7 habitats diferentes: los bosques deciduos, ribereños, galerias y sabanas, entre otros. Existen árboles en peligro de extinción.
FAUNA: Monos congos, pizotes, los venados y otros.
Ubicado en Bahía Salinas, Guanacaste. La isla está situada a 3 km. al Noroeste de puerto Soley.
El mar de aguas azules lo rodea. Tiene temperaturas muy altas por estar en una de las zonas más calientes del país.
FLORA: Existe solo un tipo de bosque o matorral achaparrado muy difícil de penetrar.
FAUNA: Este refugio se creo con el fin de proteger los pelícanos pardos que anidan en esta zona, es la especie más abundante aquí.
Se encuentra en las provincias de Limón y San José, creadas en 1975. El Parque Nacional de Chirripó mide 50.450 hectáreas y el de la Amistad 190.513 hectáreas. Ambas poseen el bosque virgen mas grande del país. Hay una gran diversidad de habitats, producto de sus grandes contrastes.
FAUNA: Mamiferos, anfibios, reptiles y peces. Se estima que contiene el 60% de los animales del pais. El UNESCO declaró estos lugares como "Reserva de la Biosfera" [1982] y "Sitio de Patrimonio Mundial" [1983].
Situado en Cartago. Comprendido dentro de la reserva Forestal de río Macho y abarca la cuenca superior del río Grande de Orosi. Tiene una superficie de 5.092 hectáreas. Es un área bastante lluviosa. Lugar abundante en ríos, bosques densos y de poca altura.
FLORA: Muchas plantas saprófitas como helechos, musgos, líquenes, etc. Existe también el roble, el tirra, etc.
FAUNA: Muy pocas aves. Entre los principales mamíferos están: danta, nutria, pumas, manigordos, etc.
Ubicado en Limón, posee una superficie de 9.044 hectáreas. Tiene clima húmedo, con más de 3.500 cm. de lluvia por año. Hitoy significa lanoso, Cerere significa aguas claras. Este es del tipo de bosques verdes y con gran variedad de comunidades vegetales.
FLORA: Entre los árboles están: cedro, macho, ceibo, etc. También hay helechos y algunas plantas epífitas.
FAUNA: Entre los mamíferos está el perezoso. Entre las aves: tucan pico iris, yigüirro y el martín pescador verde.