Shinji Ikari

Shinji é o personagem principal da série, designado para pilotar a Unidade Evangelion I. Sua mãe morreu quando ele ainda era muito pequeno. Ele e seu pai Gendou Ikari viveram separados durante os últimos dez anos. Uma inesperada mensagem de seu pai o trouxe a Tokyo-3, e, neste mesmo dia, um "Angel" atacou a cidade. Como piloto da Unidade Evangelion I, lutou contra esse Angel numa batalha sangrenta e acabou perdendo a consciência. Shinji é calmo, tímido, mas às vezes perde o controle de si e diz coisas que se arrepende mais tarde. Vive fugindo de si mesmo e é meio problemático por ter sido rejeitado por seu pai.

Asuka Langley Sohryu

Personagem designada para pilotar a Unidade Evangelion II. Como Rei Ayanami, ela também passou por um treinamento especial. Praticamente alemã, mas com alguns traços japoneses, nasceu e cresceu nos EUA. Asuka odeia a derrota. Ela vive importunando o seu companheiro de quarto, Shinji, pois ele é o tipo de pessoa que ela abomina: calmo, dependente e inseguro. Ela não entende como uma pessoa como ele pode ser o melhor piloto Evangelion.

Rei Ayanami

Rei Ayanami é uma personagem cheia de mistérios. É a personagem designada para pilotar a Unidade Evangelion 0. Ela passou por um profundo treinamento desde que o desenvolvimento dos protótipos começou. Seu passado foi todo apagado. Feriu-se gravemente durante um acidente ocorrido nos testes. É uma garota de pouquíssimas palavras devido a dificuldade de expressar suas emoções.

Misato Katsuragi

Alta funcionária da NERV, responsabiliza-se pela educação de Shinji, acolhendo-o em seu apartamento. É responsável pela programação de operações da NERV. Misato é uma mulher atraente, otimista, inovadora e criativa. Possui uma lembrança nada agradável do pai, que morreu no Segundo Impacto para salvar a vida de Misato. No acidente ela adquiriu uma enorme cicatriz em seu peito e declarou guerra aos Angels, entrando na NERV. Apaixonada por Kaji, adora cerveja e é a personagem que mais disfarça seus problemas interiores, que não são poucos.

Hitsuko Akagi

Cientista da NERV, sucessora da antiga doutora Akagi, sua mãe, já falecida. Tem um relacionamento amoroso com Gendou Ikari, sendo responsável por toda tecnologia de Toktyo-3 e dos EVA.

Gendo Ikari

Pai de Shiji, comandante da NERV. É responsável pelo combate contra os Angels e encarregado de conduzir o projeto de instrumentabilidade Humana.

Professor Fiyutsuki

Braço direito de Gendou Ikari, está sempre por dentro de toda a programação da NERV.

Ryouji Kaji

Amante de Misato e funcionário da NERV. É também um espião infiltrado na própria NERV. É o ídolo de Asuka. Seu hobby é cultivar melancias.

Kaworu Nagisa

Ao mesmo tempo que é a "quinta criança" (piloto de um Eva), é também o útimo Angel, o mensageiro final. Ele ensina para Shinji o significado de ser amado.

Touji Suzuhara

Personagem expressivo, mas faz parte dos poucos amigos de Shinji. Mais tarde é escolhido para ser a "quarta criança", mas sofre graves acidentes físicos ao pilotar um Eva...

O time da NERV

A NERV possui mais outros três importantes cientistas, que participam no combate contra os Angels e no desenvolvimento de novos sistemas de computação e tecnologia.