Há uma abundante fauna de peixes e mamíferos aquáticos que habitam os rios e igapós, na Selva Amazônica, como o pirarucu e o peixe-boi (este em extinção). Nas várzeas há jacarés e tartarugas (ameaçados de extinção), bem como algumas espécies anfíbias, notadamente a lontra e a capivara e certas serpentes. Nas florestas, em geral, predominam a anta, a onça, os macacos, a preguiça, o caititu, a jibóia, a sucuri, os papagaios, araras e tucanos e uma imensa variedade de insetos e aracnídeos. Nas caatingas, cerrados e campos são mais comuns a raposa, o tamanduá, o tatu, o veado, o lobo-guará, o guaxinim, a ema, a seriema, perdizes e codornas, e os batráquios (rãs, sapos e pererecas) e répteis (cascavel, surucucu e jararaca). Há abundância de térmitas, que constroem montículos duros como habitação. De maneira geral, a fauna ornitológica brasileira não encontra rival em variedade, com muitas espécies inexistentes em outras partes do mundo. São inúmeras as aves de rapina, como os gaviões, as aves noturnas, como as corujas e mochos, as trepadoras, os galináceos, as pernaltas, os columbídeos e os palmípedes.